Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 2,406,141 A→G R167R (CGT→CGC)  lrhA ← DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009132,406,1410AG100.0% 212.7 / NA 54R167R (CGT→CGC) lrhADNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (32/22);  total (32/22)

TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406094‑2406187
                                               |                                              
ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:979513/1‑50 (MQ=255)
ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:342034/1‑50 (MQ=255)
  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:4036010/1‑48 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           >  1:3891421/1‑50 (MQ=255)
    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           <  1:3587480/49‑1 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       <  1:1663259/50‑1 (MQ=255)
        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                      <  1:2611002/50‑1 (MQ=255)
         atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                     >  1:3146541/1‑50 (MQ=255)
          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                     <  1:4110170/49‑1 (MQ=255)
          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                    >  1:2568419/1‑50 (MQ=255)
           gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                   >  1:523145/1‑50 (MQ=255)
           gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                   >  1:4386101/1‑50 (MQ=255)
            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                  >  1:2018947/1‑50 (MQ=255)
            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                  >  1:2503550/1‑50 (MQ=255)
              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                <  1:2466648/50‑1 (MQ=255)
               tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:2858275/1‑49 (MQ=255)
               tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:1299595/1‑49 (MQ=255)
                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                             <  1:2077680/50‑1 (MQ=255)
                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            >  1:2563351/1‑50 (MQ=255)
                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           <  1:1674932/50‑1 (MQ=255)
                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           >  1:4146374/1‑50 (MQ=255)
                    tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                          >  1:2356170/1‑50 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:1183176/50‑1 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:438112/50‑1 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:2795528/50‑1 (MQ=255)
                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:1043086/1‑49 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:1665780/1‑48 (MQ=255)
                           tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAgg                   <  1:1376732/50‑1 (MQ=255)
                            aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                  >  1:1597373/1‑50 (MQ=255)
                            aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                  >  1:195347/1‑50 (MQ=255)
                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                  <  1:1547371/49‑1 (MQ=255)
                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                 <  1:1413238/50‑1 (MQ=255)
                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                 >  1:3678569/1‑50 (MQ=255)
                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                 >  1:2525028/1‑49 (MQ=255)
                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               >  1:2560686/1‑50 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  1:1010507/1‑50 (MQ=255)
                                 tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg             <  1:864619/50‑1 (MQ=255)
                                 tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg             <  1:3499077/50‑1 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg           <  1:1880651/50‑1 (MQ=255)
                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgggg          >  1:1498251/1‑49 (MQ=255)
                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:3443245/1‑50 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         >  1:1289005/1‑50 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  1:1982420/49‑1 (MQ=255)
                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg        >  1:2173335/1‑50 (MQ=255)
                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg        >  1:764455/1‑50 (MQ=255)
                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt       <  1:3467375/49‑1 (MQ=255)
                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt       >  1:3213699/1‑49 (MQ=255)
                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt      <  1:3026715/50‑1 (MQ=255)
                                         cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa     >  1:4009478/1‑50 (MQ=255)
                                         cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa     <  1:437870/50‑1 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    <  1:1922535/50‑1 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    <  1:446801/50‑1 (MQ=255)
                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:500253/1‑49 (MQ=255)
                                            ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa  >  1:3427708/1‑50 (MQ=255)
                                               |                                              
TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406094‑2406187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑