Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,354,915 G→A intergenic (‑198/+39) lysU ← / ← dtpC lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,354,9150GA100.0% 325.5 / NA 79intergenic (‑198/+39)lysU/dtpClysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (46/33);  total (46/33)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354868‑4354960
                                               |                                             
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                             <  1:2914385/50‑1 (MQ=255)
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                             <  1:452111/50‑1 (MQ=255)
 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                            <  1:2764310/50‑1 (MQ=255)
 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                            <  1:1735962/50‑1 (MQ=255)
  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                           <  1:3044936/50‑1 (MQ=255)
  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                           <  1:4367127/50‑1 (MQ=255)
   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:1824530/1‑50 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         <  1:2576594/50‑1 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:2738457/1‑49 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         >  1:2911937/1‑49 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                      >  1:2037185/1‑50 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                      >  1:325478/1‑50 (MQ=255)
        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                     >  1:1763791/1‑50 (MQ=255)
        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                      <  1:4404867/49‑1 (MQ=255)
         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                    <  1:4193529/50‑1 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                   >  1:282573/1‑50 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                <  1:1493567/50‑1 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:1237399/1‑50 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               <  1:507145/50‑1 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                              <  1:1784053/50‑1 (MQ=255)
               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:2528792/1‑49 (MQ=255)
                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                              >  1:2171463/1‑49 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                              <  1:2264905/48‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                            >  1:1905495/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                            >  1:1927201/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                            >  1:588073/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                            >  1:343556/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                             <  1:2245682/49‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                             <  1:468005/49‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           <  1:3213209/50‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           >  1:3341139/1‑50 (MQ=255)
                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           >  1:2179914/1‑49 (MQ=255)
                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           >  1:4145495/1‑49 (MQ=255)
                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                           >  1:1134265/1‑49 (MQ=255)
                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                          <  1:12195/49‑1 (MQ=255)
                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                       >  1:2220942/1‑50 (MQ=255)
                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                       >  1:3758971/1‑50 (MQ=255)
                      tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTCATTCATAACCAAt                       >  1:664569/1‑50 (MQ=255)
                       ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                      >  1:3569747/1‑50 (MQ=255)
                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     >  1:2857388/1‑50 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                       <  1:2131922/46‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     <  1:805860/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     <  1:3129449/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     <  1:4270637/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   <  1:376182/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:3075608/1‑50 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:3077507/1‑50 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:550284/1‑50 (MQ=255)
                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa               >  1:675363/1‑50 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa               <  1:1710915/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa               <  1:2977865/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa               <  1:2327644/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:1832604/1‑50 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:2332594/1‑50 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:4373373/1‑50 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:147312/1‑50 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:3063933/1‑49 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              <  1:4191177/49‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg             <  1:3545822/50‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg             <  1:3124855/50‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg             <  1:462445/50‑1 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:3821340/1‑50 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:2920471/1‑50 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:2553235/1‑50 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:2159714/1‑49 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            <  1:2466190/49‑1 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:2636826/1‑49 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc           <  1:1395598/49‑1 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg         >  1:4180137/1‑50 (MQ=255)
                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        >  1:281878/1‑50 (MQ=255)
                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        >  1:1748117/1‑50 (MQ=255)
                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        >  1:3848681/1‑50 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        <  1:4207960/49‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        <  1:2501529/49‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        >  1:2896943/1‑49 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt        >  1:846396/1‑49 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     >  1:2454069/1‑50 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa     <  1:3129401/49‑1 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt    <  1:3376077/50‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:562533/49‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  >  1:1515802/1‑50 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  <  1:1490635/50‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  >  1:3126017/1‑50 (MQ=255)
                                               |                                             
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354868‑4354960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: