| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 90.9% | 325.6 / 39.0 | 88 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/4); new base . (52/28); total (56/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAT > NC_000913/3801023‑3801116 | gCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt > 1:3153615/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:3872833/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:5090770/50‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:6934376/49‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:2602305/49‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:2255249/49‑1 (MQ=255) ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:5151679/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:7001824/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:3675270/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:4325374/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:448315/49‑1 (MQ=255) 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(MQ=38) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:5506885/1‑50 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:5500103/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:5994322/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:8182489/1‑50 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:4380687/50‑1 (MQ=255) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:5189428/49‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 1:6340515/49‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg > 1:3156771/1‑49 (MQ=39) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 1:6810580/1‑50 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:3849572/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:8431857/1‑50 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:4666033/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 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GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAT > NC_000913/3801023‑3801116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |