BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
MC JC	NC_000913	687,860	Δ1,185 bp	IS5‑mediated	insH‑3	insH‑3

Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	687860	689044	1185	132 [0]	[0] 134	insH‑3	insH‑3

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	NC_000913	= 687859	0 (0.000)	124 (1.110)	68/96	0.0	100%	noncoding (1187/1195 nt)	IS5	repeat region
*	?	NC_000913	689045 =	0 (0.000)	124 (1.110)	68/96	0.0	100%	noncoding (1/1195 nt)	IS5	repeat region

Only 100 of 134 total aligned reads displayed.

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

tatcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   >  1:1677984‑M2/50‑50 (MQ=255)

 atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcc                                                   <  1:7903183‑M2/1‑1 (MQ=255)

 atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:928830‑M2/49‑50 (MQ=255)

 atcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:3019373‑M2/49‑50 (MQ=255)

  tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  <  1:2714243‑M2/2‑1 (MQ=255)

  tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  <  1:610136‑M2/2‑1 (MQ=255)

  tcgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:6029035‑M2/48‑49 (MQ=255)

   cgtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCt                                                  >  1:6498136‑M2/47‑48 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTa                                                <  1:6111886‑M2/4‑1 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTa                                                <  1:7370792‑M2/4‑1 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               <  1:1854945‑M2/5‑1 (MQ=255)

    gtctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAg                                               <  1:5171970‑M2/5‑1 (MQ=255)

     tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              <  1:5471628‑M2/6‑1 (MQ=255)

     tctgcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAgg                                              <  1:5398286‑M2/6‑1 (MQ=255)

        gcaactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           >  1:3993229‑M2/42‑50 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTaa                                           <  1:4720366‑M2/9‑1 (MQ=255)

         caactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAAc                                          <  1:1286552‑M2/10‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:7846992‑M2/11‑1 (MQ=255)

          aactttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACa                                         <  1:131134‑M2/11‑1 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        <  1:7068799‑M2/12‑1 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        >  1:6836413‑M2/39‑50 (MQ=255)

           actttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAt                                        <  1:1079757‑M2/12‑1 (MQ=255)

            ctttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:146986‑M2/38‑50 (MQ=255)

             tttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:1917418‑M2/37‑49 (MQ=255)

              ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:1319034‑M2/36‑48 (MQ=255)

              ttattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAtt                                       >  1:842682‑M2/36‑48 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt                                      <  1:4936401‑M2/14‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt                                      <  1:5927357‑M2/14‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACAttt                                      <  1:5103862‑M2/14‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:3210827‑M2/15‑1 (MQ=255)

               tattgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTa                                     <  1:6925441‑M2/15‑1 (MQ=255)

                attgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAg                                    <  1:418507‑M2/16‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:6972642‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:8214122‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGtt                                  <  1:2199210‑M2/18‑1 (MQ=255)

                 ttgtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGt                                   <  1:5354625‑M2/17‑1 (MQ=255)

                   gtgcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGttt                                 <  1:6142746‑M2/19‑1 (MQ=255)

                    tgcagtgttgtgcttgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTg                                <  1:7337220‑M2/20‑1 (MQ=255)

                     gcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:4972547‑M2/29‑50 (MQ=255)

                     gcagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:2587525‑M2/29‑50 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:1388951‑M2/28‑49 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGc                              >  1:2534648‑M2/28‑49 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:6629302‑M2/23‑1 (MQ=255)

                      cagtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             <  1:8542388‑M2/23‑1 (MQ=255)

                       agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             >  1:1351814‑M2/27‑49 (MQ=255)

                       agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCt                             >  1:2367645‑M2/27‑49 (MQ=255)

                       agtgttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTa                            <  1:464257‑M2/24‑1 (MQ=255)

                          gttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAt                         >  1:3953066‑M2/24‑50 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        <  1:2623194‑M2/28‑1 (MQ=255)

                           ttgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        <  1:4119321‑M2/28‑1 (MQ=255)

                            tgtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATg                        >  1:4199541‑M2/22‑49 (MQ=255)

                             gtgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       >  1:548585‑M2/21‑49 (MQ=255)

                             gggcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGt                       <  1:2734170‑M2/29‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaa                     <  1:2941312‑M2/31‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      <  1:2722485‑M2/30‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      <  1:6472395‑M2/30‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      <  1:1625141‑M2/30‑1 (MQ=255)

                              tgcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      <  1:7363003‑M2/30‑1 (MQ=255)

                               gcctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTa                      >  1:563204‑M2/19‑48 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTaaa                    <  1:5463015‑M2/32‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:7966561‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:7307327‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:4860386‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                cctgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAg                   <  1:1538905‑M2/33‑1 (MQ=255)

                                  tgttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGa                  >  1:8195546‑M2/16‑49 (MQ=255)

                                   gttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata                >  1:8463402‑M2/15‑50 (MQ=255)

                                   gttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata                >  1:1399571‑M2/15‑50 (MQ=255)

                                   gttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata                >  1:3113772‑M2/15‑50 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:5518298‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               >  1:8032287‑M2/14‑50 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:7768371‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:2166003‑M2/37‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGata                <  1:3554065‑M2/36‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGat                 <  1:5157085‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                    ttagggaaggtgcCTT‑‑GTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGatat               <  1:5360733‑M2/35‑1 (MQ=255)

                                     tagggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAGGATAtt              >  1:8193181‑M2/13‑50 (MQ=255)

                                      agggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             >  1:8004715‑M2/12‑50 (MQ=255)

                                       gggaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTg             <  1:1141938‑M2/39‑1 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:11267‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:5961420‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                         gaaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTg          <  1:3447118‑M2/42‑1 (MQ=255)

                                          aaggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGt         <  1:8397553‑M2/43‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        <  1:4414851‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        <  1:3272384‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        <  1:3585035‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        >  1:1459616‑M2/7‑50 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        <  1:1829268‑M2/44‑1 (MQ=255)

                                           aggtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtt        >  1:3794985‑M2/7‑50 (MQ=255)

                                             gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt      <  1:4307398‑M2/46‑1 (MQ=255)

                                             gtgcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGtttt      <  1:3886978‑M2/46‑1 (MQ=255)

                                               gcCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    >  1:7270611‑M2/3‑50 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTGAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    <  1:4417517‑M2/48‑1 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt   <  1:3976777‑M2/49‑1 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt   <  1:2013264‑M2/49‑1 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt   >  1:7274935‑M2/2‑50 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAtt   <  1:5586300‑M2/49‑1 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    <  1:3857599‑M2/48‑1 (MQ=255)

                                                cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAt    <  1:6901247‑M2/48‑1 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  >  1:2866255/1‑50 (MQ=255)

                                                 cttAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAttg  <  1:7146035/50‑1 (MQ=255)

GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATTG  >  NC_000913/688996‑689094

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`