| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,040,502 | Δ73,763 bp | [appX]–[mdtG] | 75 genes [appX], appA, etk, etp, gfcE, gfcD, gfcC, gfcB, gfcA, insA‑4, insB‑4, cspH, cspG, ymcF, ymcE, gnsA, yccM, torS, torT, torR, torC, torA, torD, cbpM, cbpA, yccE, agp, yccJ, wrbA, ymdF, rutG, rutF, rutE, rutD, rutC, rutB, rutA, rutR, putA, ymdG, putP, efeU, efeO, efeB, phoH, pgaD, pgaC, pgaB, pgaA, dgcT, insF‑4, insE‑4, ymdE, ycdU, serX, ghrA, ycdX, ycdY, ycdZ, csgG, csgF, csgE, csgD, csgB, csgA, csgC, ymdA, ymdB, clsC, opgC, opgG, opgH, yceK, msyB, [mdtG] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1040502 | 1114264 | 73763 | 123 [0] | [0] 120 | [appX]–[mdtG] | [appX],appA,etk,etp,gfcE,gfcD,gfcC,gfcB,gfcA,insA‑4,insB‑4,cspH,cspG,ymcF,ymcE,gnsA,yccM,torS,torT,torR,torC,torA,torD,cbpM,cbpA,yccE,agp,yccJ,wrbA,ymdF,rutG,rutF,rutE,rutD,rutC,rutB,rutA,rutR,putA,ymdG,putP,efeU,efeO,efeB,phoH,pgaD,pgaC,pgaB,pgaA,dgcT,insF‑4,insE‑4,ymdE,ycdU,serX,ghrA,ycdX,ycdY,ycdZ,csgG,csgF,csgE,csgD,csgB,csgA,csgC,ymdA,ymdB,clsC,opgC,opgG,opgH,yceK,msyB,[mdtG] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040501 | 0 (0.000) | 118 (1.060) | 70/96 | 0.0 | 100% | coding (57/93 nt) | appX | small protein AppX |
| ? | NC_000913 | 1114265 = | 0 (0.000) | coding (1226/1227 nt) | mdtG | efflux pump MdtG | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GAAAAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAA > NC_000913/1114216‑1114312 | tttactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttc < 1:4094414‑M2/1‑1 (MQ=255)tttactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttc < 1:3867215‑M2/1‑1 (MQ=255)tttactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttc < 1:1502391‑M2/1‑1 (MQ=255)tttactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttc < 1:5060887‑M2/1‑1 (MQ=255) tactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCa < 1:397119‑M2/2‑1 (MQ=255) tactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCa < 1:3348953‑M2/2‑1 (MQ=255) tactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCa < 1:2979500‑M2/2‑1 (MQ=255) tactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg > 1:4293731‑M2/48‑50 (MQ=255) tactttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg > 1:288903‑M2/48‑50 (MQ=255) actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAg < 1:2381765‑M2/3‑1 (MQ=255) actttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt > 1:4587683‑M2/47‑50 (MQ=255) actttggttcgtcggcattttgtggatgtgttcgctctccacccttCAGt > 1:8059199‑M2/47‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt < 1:4296571‑M2/5‑1 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGtt > 1:48918‑M2/46‑50 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt < 1:1337055‑M2/4‑1 (MQ=255) ctttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGt < 1:491604‑M2/4‑1 (MQ=255) tttggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTc > 1:7959412‑M2/45‑50 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCg < 1:5928218‑M2/7‑1 (MQ=255) tggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCg < 1:6480131‑M2/7‑1 (MQ=255) ggttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGa > 1:5411730‑M2/42‑49 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa > 1:5313140‑M2/41‑50 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:6778886‑M2/10‑1 (MQ=255) gttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATa < 1:6908702‑M2/10‑1 (MQ=255) ttcgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATAc > 1:7854055‑M2/40‑50 (MQ=255) tcgtcggcattttgttgatgtgttcgctttccacccttCAGTTCGATAcc > 1:5092706‑M2/39‑50 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCt > 1:5118104‑M2/38‑50 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCt > 1:5579999‑M2/38‑50 (MQ=255) cgtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCt > 1:7928335‑M2/38‑50 (MQ=255) gtcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTg > 1:5227163‑M2/37‑50 (MQ=255) gtcggcattttgttgatgtgttcgccctccacccttCAGTTCGATACCTg > 1:3998835‑M2/37‑50 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg < 1:5582070‑M2/15‑1 (MQ=255) tcggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgg > 1:5095749‑M2/36‑50 (MQ=255) cggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg > 1:1459279‑M2/35‑50 (MQ=255) cggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg > 1:4526489‑M2/35‑50 (MQ=255) cggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTggg > 1:4746989‑M2/35‑50 (MQ=255) ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:7156478‑M2/34‑50 (MQ=255) ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:4085446‑M2/34‑50 (MQ=255) ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg < 1:1945767‑M2/17‑1 (MQ=255) ggcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:443347‑M2/34‑50 (MQ=255) gcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTgggg > 1:4336045‑M2/33‑49 (MQ=255) gcattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGt < 1:7649281‑M2/18‑1 (MQ=255) cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa > 1:2165031‑M2/32‑50 (MQ=255) cattttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTa < 1:7132422‑M2/19‑1 (MQ=255) attttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAt > 1:8310654‑M2/31‑50 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt > 1:6281110‑M2/30‑50 (MQ=255) ttttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTAtt < 1:1088635‑M2/21‑1 (MQ=255) tttgttgatgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTc > 1:1153753‑M2/29‑50 (MQ=255) 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atgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgac < 1:8374751‑M2/28‑1 (MQ=255) tgtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTcgacgacga < 1:5265025‑M2/30‑1 (MQ=255) gtgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac > 1:3001604‑M2/20‑50 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:8321524‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:2476518‑M2/31‑1 (MQ=255) tgttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCgacgacgac < 1:2620849‑M2/31‑1 (MQ=255) gttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:6093612‑M2/18‑49 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:3551609‑M2/17‑48 (MQ=255) ttcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTa < 1:1026696‑M2/34‑1 (MQ=255) tcgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGacgacgacg > 1:7851406‑M2/16‑47 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg < 1:1010345‑M2/35‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg < 1:7723494‑M2/35‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAg < 1:6380738‑M2/35‑1 (MQ=255) cgctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa > 1:620264‑M2/15‑50 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGa < 1:5634638‑M2/36‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGAc < 1:2835483‑M2/37‑1 (MQ=255) gctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGAc < 1:3042511‑M2/37‑1 (MQ=255) gtctccacccttCAGTTCGAGACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACt < 1:4582779‑M2/38‑1 (MQ=255) ctctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGCCGTAGACt > 1:3111487‑M2/13‑50 (MQ=255) tctccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg > 1:6622037‑M2/12‑50 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTg < 1:7942334‑M2/39‑1 (MQ=255) tccacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGtt > 1:6454034‑M2/10‑50 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGtt < 1:4882397‑M2/41‑1 (MQ=255) cacccttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTc > 1:5442111‑M2/8‑49 (MQ=255) 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< 1:3373721‑M2/47‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGaa > 1:156870‑M2/3‑50 (MQ=255) ttCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGaa > 1:5258954‑M2/3‑50 (MQ=255) tCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATgac > 1:6004149‑M2/2‑48 (MQ=255) cAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGaa < 1:1851220/48‑1 (MQ=255) | GAAAAGGATAGCTGATTCTCCGCTTTTGCAAGTATGAAAGGCGAAAAATCAGTTCGATACCTGGGGTATTCGACGACGACGTAGACTGTTCCATGAA > NC_000913/1114216‑1114312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |