| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,749 | 0 | A | C | 29.7% | 159.6 / 14.0 | 74 | D164A (GAC→GCC) | tus | DNA replication terminus site‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/16); new base C (0/22); total (36/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.14e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAT > NC_000913/1684701‑1684798 | cGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAc > 1:7591182/1‑50 (MQ=255)cGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAc < 1:6983387/50‑1 (MQ=255) ggggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcc > 1:4548359/1‑50 (MQ=255) gggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAccc < 1:6261889/50‑1 (MQ=255) ggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc < 1:7135345/50‑1 (MQ=255) ggCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGAcccc > 1:6573951/1‑50 (MQ=255) gCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCGCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCg < 1:5078397/50‑1 (MQ=255) gCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCg < 1:1128982/50‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 1:713649/1‑50 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc < 1:1363730/50‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc < 1:6840504/50‑1 (MQ=255) tGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGc > 1:4249593/1‑49 (MQ=255) gATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCa > 1:2597906/1‑50 (MQ=255) aTCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCa < 1:2378654/49‑1 (MQ=255) tCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACt > 1:2639041/1‑50 (MQ=255) cccTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTa > 1:3054415/1‑50 (MQ=255) ccTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTAc > 1:7745096/1‑50 (MQ=255) ccTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTAc > 1:3074629/1‑50 (MQ=255) cTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACg > 1:2825220/1‑50 (MQ=255) ttAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGc > 1:4348606/1‑50 (MQ=255) tAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCt > 1:4932684/1‑50 (MQ=255) aTGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCttt > 1:7740832/1‑50 (MQ=255) tGCTTCCCGCACGCTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttg < 1:2695974/50‑1 (MQ=255) tcTTCCCGCCCCCTCCCCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttg < 1:7653789/48‑1 (MQ=37) ttACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggtt > 1:6391845/1‑50 (MQ=255) cccGCACGCTCACCTTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggtt < 1:2802975/47‑1 (MQ=255) aCCGCGCGCTCCCGGTCCTCCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttgg < 1:1085422/50‑1 (MQ=255) aCCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTttggttgg > 1:2783611/1‑50 (MQ=255) ccgcccgcTCCCTTTTCGGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg < 1:3397074/50‑1 (MQ=255) ccgcccgcTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg < 1:3309326/50‑1 (MQ=255) ccGCACGCTCCCCGTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttgg < 1:6733991/49‑1 (MQ=255) ccGCACGCTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTttggttgg < 1:3292602/49‑1 (MQ=255) ccGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTggg > 1:4432348/1‑50 (MQ=255) cGCCCGCTCCCCGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc < 1:2724197/50‑1 (MQ=255) cGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:7690690/1‑50 (MQ=255) cGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:5457674/1‑50 (MQ=255) gCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGc > 1:4934384/1‑49 (MQ=255) cccGCTAACCTTTCGGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCta < 1:4428160/48‑1 (MQ=255) aCGCTCCCCTTTCTGCCCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa < 1:8432665/50‑1 (MQ=255) aCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa > 1:6308283/1‑50 (MQ=255) aCGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaa > 1:3344008/1‑50 (MQ=255) cccTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat < 1:1887537/48‑1 (MQ=255) gCTCCCCTTTCCGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata < 1:6472752/50‑1 (MQ=255) gCTCACCTTTCTCCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaata < 1:7116921/50‑1 (MQ=255) gCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaat > 1:2836787/1‑49 (MQ=255) cTCCCCTTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaataa < 1:1441216/50‑1 (MQ=255) cTCACCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCtaataa < 1:2017840/50‑1 (MQ=255) cACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa > 1:8080189/1‑49 (MQ=255) cACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa > 1:2199989/1‑49 (MQ=255) cACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa > 1:855131/1‑49 (MQ=255) aCCGTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATaaa < 1:4889373/48‑1 (MQ=255) aCCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACa > 1:902030/1‑50 (MQ=255) aCCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACa > 1:2880350/1‑50 (MQ=255) aCCGTTCGACACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACa < 1:3350725/50‑1 (MQ=255) cGTTCTGCCCGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata < 1:1241842/50‑1 (MQ=255) cGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACata > 1:4452679/1‑50 (MQ=255) gTTCTGCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 1:388185/50‑1 (MQ=255) gTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat > 1:5180264/1‑50 (MQ=255) tctcCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAGCATATc < 1:452092/49‑1 (MQ=255) tCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACatat < 1:7031521/48‑1 (MQ=255) cggCACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCa < 1:3217743/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:5039994/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:623038/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAt < 1:3376314/47‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa < 1:209670/49‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa < 1:4343589/49‑1 (MQ=255) cACGCCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTa < 1:855041/49‑1 (MQ=255) cACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 1:4998358/1‑48 (MQ=255) cACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 1:2478315/1‑48 (MQ=255) cACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 1:651106/1‑48 (MQ=255) cACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCAtt > 1:7723820/1‑48 (MQ=255) aCGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAg < 1:5411438/50‑1 (MQ=255) gACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGaa > 1:2553116/1‑50 (MQ=255) gACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGaa > 1:6732412/1‑50 (MQ=255) aCCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAt > 1:2693483/1‑50 (MQ=255) | CGGGGCTGATCACCCTTAATGCTTACCGCACGCTCACCGTTCTGCACGACCCCGCCACTTTACGCTTTGGTTGGGCTAATAAACATATCATTAAGAAT > NC_000913/1684701‑1684798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |