| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,653,007 | T→C | P303P (CCA→CCG) | rspB ← | putative zinc‑binding dehydrogenase RspB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,653,007 | 0 | T | C | 75.6% | 173.5 / 62.7 | 86 | P303P (CCA→CCG) | rspB | putative zinc‑binding dehydrogenase RspB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/11); new base C (35/30); total (45/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.48e-02 | |||||||||||
TGGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAATT > NC_000913/1652958‑1653053 | tGGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCt < 1:8560688/50‑1 (MQ=255)tGGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCt < 1:6147170/50‑1 (MQ=255)tGGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCt > 1:5334838/1‑50 (MQ=255) ggCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTg > 1:7089683/1‑50 (MQ=255) gCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTgg > 1:3583327/1‑50 (MQ=255) gCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCgg < 1:7664179/50‑1 (MQ=255) gCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCgg < 1:5826507/50‑1 (MQ=255) aTCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGtt < 1:6440646/50‑1 (MQ=255) aTCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGtt < 1:6297162/50‑1 (MQ=255) tCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGtt > 1:1107673/1‑49 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTtta < 1:6039737/49‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa < 1:6853658/50‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa > 1:145863/1‑50 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTtta < 1:913357/49‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTtta < 1:4783864/49‑1 (MQ=255) gCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaat > 1:1058556/1‑50 (MQ=255) gCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaat < 1:2384792/50‑1 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaatt > 1:5306687/1‑49 (MQ=255) aCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTttaattaa < 1:4872044/50‑1 (MQ=255) aCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaattaa > 1:4649770/1‑50 (MQ=255) aCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaattaa < 1:2883015/50‑1 (MQ=255) cATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAAc < 1:7627369/50‑1 (MQ=255) cATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAAc > 1:7369053/1‑50 (MQ=255) aTGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAcc > 1:7503629/1‑50 (MQ=255) tGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAccc < 1:6363549/50‑1 (MQ=255) tGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAccc > 1:6861061/1‑50 (MQ=255) cTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCt < 1:1972340/49‑1 (MQ=255) cTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCt < 1:8279831/49‑1 (MQ=255) cTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCt < 1:2150250/49‑1 (MQ=255) tGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCtt > 1:6299559/1‑49 (MQ=255) ggAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTa > 1:6484186/1‑50 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTa < 1:4815601/49‑1 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTAc > 1:7114899/1‑50 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTAc < 1:7023377/50‑1 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTAc > 1:4511566/1‑50 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTAc < 1:1608545/50‑1 (MQ=255) aaaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt > 1:2267897/1‑50 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACtt < 1:5381488/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACtt < 1:1386659/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACtt < 1:3898617/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt > 1:3063972/1‑49 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt > 1:8512805/1‑49 (MQ=255) aTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACtt > 1:7106319/1‑49 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa < 1:5822399/50‑1 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa < 1:1464200/50‑1 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa < 1:8150379/50‑1 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa > 1:201868/1‑50 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa > 1:2760442/1‑50 (MQ=255) cAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:4109221/1‑50 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAcc < 1:8618288/50‑1 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:1651665/1‑49 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:58701/1‑49 (MQ=255) aaCGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:7898670/1‑48 (MQ=255) aaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:2565952/1‑48 (MQ=255) aaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:3725879/1‑48 (MQ=255) aaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:1347383/1‑48 (MQ=255) aCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAg > 1:1288869/1‑50 (MQ=255) aCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAg > 1:394417/1‑50 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt > 1:2109138/1‑50 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt > 1:1731870/1‑50 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 1:1244206/50‑1 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 1:3499342/50‑1 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc < 1:5389291/50‑1 (MQ=255) tATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCg < 1:2058848/50‑1 (MQ=255) aTGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGa > 1:7642056/1‑50 (MQ=255) tGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGa > 1:5699822/1‑49 (MQ=255) tGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGa < 1:6569095/49‑1 (MQ=255) tGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGa > 1:1221583/1‑49 (MQ=255) tGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGAt < 1:5042451/50‑1 (MQ=255) gggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGAt > 1:4807794/1‑49 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATaa < 1:1641325/50‑1 (MQ=255) gTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAAc > 1:386655/1‑50 (MQ=255) taattaatTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACg < 1:7196799/50‑1 (MQ=255) aattaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGa > 1:1825207/1‑50 (MQ=255) attaattTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt < 1:5568325/50‑1 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGa < 1:2741032/49‑1 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt > 1:4933615/1‑50 (MQ=255) ttaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATc < 1:7350323/50‑1 (MQ=255) taattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCg > 1:7259976/1‑50 (MQ=255) aattTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg > 1:1471524/1‑50 (MQ=255) aattTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCg < 1:8373619/49‑1 (MQ=255) attTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg < 1:802294/50‑1 (MQ=255) attTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg < 1:4570840/50‑1 (MQ=255) attTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg > 1:4647604/1‑49 (MQ=255) attTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg < 1:3693212/49‑1 (MQ=255) tttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg > 1:2294764/1‑49 (MQ=255) tttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg > 1:6778970/1‑49 (MQ=255) ttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAatt > 1:2258109/1‑50 (MQ=255) tCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAatt > 1:7578352/1‑49 (MQ=255) | TGGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAATT > NC_000913/1652958‑1653053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |