| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,907,399 | C→T | E13K (GAG→AAG) | cspC ← | stress protein, member of the CspA family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,907,399 | 0 | C | T | 99.1% | 414.5 / ‑4.0 | 107 | E13K (GAG→AAG) | cspC | stress protein, member of the CspA family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (54/52); total (55/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATT > NC_000913/1907352‑1907445 | aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt > 1:756562/1‑50 (MQ=255)aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt < 1:6247446/50‑1 (MQ=255) tCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt > 1:162552/1‑50 (MQ=255) cTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt > 1:2174188/1‑49 (MQ=255) cTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt > 1:5702148/1‑49 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg > 1:5338025/1‑49 (MQ=255) ttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGaa > 1:6040330/1‑50 (MQ=255) ttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGaa > 1:6253498/1‑50 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg < 1:2018014/47‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtg < 1:4230664/46‑2 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGaa < 1:1668825/49‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGa < 1:3401997/48‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGa < 1:6330402/48‑1 (MQ=255) gctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc < 1:6808688/49‑1 (MQ=255) gctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc > 1:2401607/1‑49 (MQ=255) ttgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCa > 1:2324667/2‑50 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAcc < 1:6073522/49‑1 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAcc < 1:1511584/49‑1 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCa > 1:4528000/1‑50 (MQ=255) ctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCa < 1:3943090/50‑1 (MQ=255) tgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCAc > 1:7965906/1‑50 (MQ=255) tgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCAc > 1:4330316/1‑50 (MQ=255) ccATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCAc < 1:7071317/48‑1 (MQ=255) ccATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAACCAc < 1:2631300/48‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |