BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	440.6 / NA	111	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (54/57); total (54/57)

Only 100 of 113 total aligned reads displayed.

TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAT  >  NC_000913/2406094‑2406188

ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                               >  1:2325105/1‑50 (MQ=255)

ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                               >  1:2142084/1‑50 (MQ=255)

  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTgcgc                                              <  1:4354319/49‑1 (MQ=255)

  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                               >  1:298742/1‑48 (MQ=255)

   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa                                             <  1:1281020/49‑1 (MQ=255)

    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                           >  1:8513646/1‑50 (MQ=255)

    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                           >  1:1636527/1‑50 (MQ=255)

    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                            <  1:8539050/49‑1 (MQ=255)

    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                            <  1:3110875/49‑1 (MQ=255)

     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                          <  1:8034692/50‑1 (MQ=255)

      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                         <  1:4873207/50‑1 (MQ=255)

      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                         <  1:8093402/50‑1 (MQ=255)

      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                         >  1:6911106/1‑50 (MQ=255)

      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                         <  1:8120369/50‑1 (MQ=255)

       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                         >  1:3542672/1‑49 (MQ=255)

        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                        >  1:8271354/1‑49 (MQ=255)

        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                       <  1:3697504/50‑1 (MQ=255)

         atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                      >  1:7966159/1‑50 (MQ=255)

         atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                      >  1:3346795/1‑50 (MQ=255)

         atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                      >  1:1899939/1‑50 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                      <  1:3411844/49‑1 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                      <  1:3125064/49‑1 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                     <  1:6880849/50‑1 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                     >  1:6466785/1‑50 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                     <  1:609537/50‑1 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                     <  1:1757058/50‑1 (MQ=255)

          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                     <  1:3322110/50‑1 (MQ=255)

            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                    <  1:5138901/49‑1 (MQ=255)

            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                   <  1:4069067/50‑1 (MQ=255)

            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                   <  1:594983/50‑1 (MQ=255)

              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                 <  1:2781407/50‑1 (MQ=255)

                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                                <  1:5832940/49‑1 (MQ=255)

                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                                >  1:5048647/1‑49 (MQ=255)

                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                                >  1:1619687/1‑49 (MQ=255)

                ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                                >  1:4134958/1‑49 (MQ=255)

                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                              <  1:6709909/50‑1 (MQ=255)

                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                               <  1:5817994/49‑1 (MQ=255)

                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                               >  1:5117624/1‑49 (MQ=255)

                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                               <  1:2122203/49‑1 (MQ=255)

                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCATaa                              <  1:5874061/50‑1 (MQ=255)

                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                             <  1:6199085/50‑1 (MQ=255)

                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                             >  1:7108788/1‑50 (MQ=255)

                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                             >  1:7854044/1‑50 (MQ=255)

                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGCTCAATGCCTTaaa                             >  1:8621141/1‑50 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            <  1:1145728/50‑1 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            >  1:2617640/1‑50 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            >  1:8411872/1‑50 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            <  1:1372233/50‑1 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            >  1:4988107/1‑50 (MQ=255)

                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                            <  1:661387/50‑1 (MQ=255)

                    tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                           >  1:4400931/1‑50 (MQ=255)

                    tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                           >  1:7407724/1‑50 (MQ=255)

                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                           <  1:2009304/48‑1 (MQ=255)

                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                         <  1:3698417/50‑1 (MQ=255)

                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                         <  1:6442911/50‑1 (MQ=255)

                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                         >  1:2243632/1‑50 (MQ=255)

                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                        >  1:1141972/1‑49 (MQ=255)

                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGa                       <  1:5622911/50‑1 (MQ=255)

                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                      <  1:1792389/50‑1 (MQ=255)

                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                      <  1:8449137/50‑1 (MQ=255)

                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                     <  1:387707/50‑1 (MQ=255)

                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                     >  1:402524/1‑50 (MQ=255)

                           tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAgg                    <  1:1161536/50‑1 (MQ=255)

                            aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                   >  1:2439072/1‑50 (MQ=255)

                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                   <  1:3546223/49‑1 (MQ=255)

                             ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                  <  1:3694593/50‑1 (MQ=255)

                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                  >  1:7495578/1‑49 (MQ=255)

                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                  >  1:4517178/1‑49 (MQ=255)

                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc                  >  1:1192302/1‑49 (MQ=255)

                              cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACg                 <  1:1681776/50‑1 (MQ=255)

                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa                <  1:3504697/50‑1 (MQ=255)

                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa                >  1:6071936/1‑50 (MQ=255)

                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt               >  1:3079185/1‑50 (MQ=255)

                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt               <  1:4412105/50‑1 (MQ=255)

                                 tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg              >  1:6211863/1‑50 (MQ=255)

                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg            <  1:5686961/50‑1 (MQ=255)

                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg            >  1:3294543/1‑50 (MQ=255)

                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg             <  1:6311519/49‑1 (MQ=255)

                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt           >  1:362265/1‑50 (MQ=255)

                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt           >  1:8177880/1‑50 (MQ=255)

                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt           >  1:3858848/1‑50 (MQ=255)

                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg          >  1:2360557/1‑50 (MQ=255)

                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt           <  1:3005428/49‑1 (MQ=255)

                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg         >  1:8519566/1‑50 (MQ=255)

                                       ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt        >  1:2481878/1‑50 (MQ=255)

                                       ggCGAGGCGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt        >  1:3451739/1‑50 (MQ=255)

                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt        <  1:7145496/49‑1 (MQ=255)

                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt       <  1:14069/50‑1 (MQ=255)

                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt       <  1:1275144/50‑1 (MQ=255)

                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGtt       <  1:3436802/50‑1 (MQ=255)

                                         cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa      <  1:8187608/50‑1 (MQ=255)

                                         cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa      <  1:6448193/50‑1 (MQ=255)

                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc     <  1:7223148/50‑1 (MQ=255)

                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc     >  1:7179612/1‑50 (MQ=255)

                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc     >  1:229638/1‑50 (MQ=255)

                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc    <  1:4095806/50‑1 (MQ=255)

                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc    <  1:3821347/50‑1 (MQ=255)

                                           aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc     >  1:8570220/1‑49 (MQ=255)

                                            ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa   >  1:5496132/1‑50 (MQ=255)

                                             gcaCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGCAGGACGATGGGTGGTTACCAt  >  1:6592070/3‑50 (MQ=255)

TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCAT  >  NC_000913/2406094‑2406188

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 16 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`