BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	518.8 / NA	131	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (68/63); total (68/63)

Only 100 of 137 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:3813277/50‑1 (MQ=255)

aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:8574205/50‑1 (MQ=255)

aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  1:1655232/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:7600093/50‑1 (MQ=255)

 aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa                                             <  1:2235954/50‑1 (MQ=255)

  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  1:8326283/50‑1 (MQ=255)

   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:2341975/1‑50 (MQ=255)

   ggTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:5935951/1‑50 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           >  1:1295845/1‑49 (MQ=255)

    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                           <  1:3856442/49‑1 (MQ=255)

     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:6040372/1‑49 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:6873199/1‑50 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  1:6709668/49‑1 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:8465822/1‑50 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:4107269/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:3179254/49‑1 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:4199815/49‑1 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGAGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:7437444/1‑50 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:2245338/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:5628224/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:4785574/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:6544031/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:3513595/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:4807851/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:1563024/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:1772947/50‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:2740809/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:2950258/1‑50 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:7935847/1‑49 (MQ=255)

                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:3201737/1‑49 (MQ=255)

                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:3636652/1‑49 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  1:7680782/1‑50 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:7741526/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:5430176/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:4322578/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:7770438/1‑50 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:5653517/1‑50 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:4449995/1‑50 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:6259221/1‑49 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:3059689/1‑50 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:7233411/1‑50 (MQ=255)

                       ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       >  1:6057198/1‑50 (MQ=255)

                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:4352364/1‑50 (MQ=255)

                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:5075622/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:8017831/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:5496557/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:6525771/1‑50 (MQ=255)

                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     >  1:924930/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:5143788/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:5261606/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        <  1:2359114/46‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt                        <  1:140078/46‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:3404899/48‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:4832457/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:3241900/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:6087792/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:5891388/1‑50 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:193343/49‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:7631403/49‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:4315468/49‑1 (MQ=255)

                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:6824028/50‑1 (MQ=255)

                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATCACCAATTGtttt                  >  1:3954227/1‑50 (MQ=255)

                             ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:5492272/1‑49 (MQ=255)

                             ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:8614656/1‑49 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:8355218/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:2050232/1‑50 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:2199639/1‑50 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:7024031/1‑50 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:5649149/49‑1 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:5366610/1‑49 (MQ=255)

                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:4542858/1‑49 (MQ=255)

                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:5199553/1‑50 (MQ=255)

                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:7428987/1‑49 (MQ=255)

                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:5330952/1‑49 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:2051726/1‑48 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:2493802/50‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:4018463/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:7274560/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:765858/50‑1 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         <  1:462774/49‑1 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:6384988/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:5561922/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:4291079/1‑49 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:7017136/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:1529707/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:4198717/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:8458474/49‑1 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:118225/49‑1 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:7148058/49‑1 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:6452895/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      <  1:2606122/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:6716367/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:8386165/1‑50 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:3715126/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:1779116/49‑1 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:5135659/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  1:1113170/1‑50 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:4725750/50‑1 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:1566395/50‑1 (MQ=255)

                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt  <  1:1547408/50‑1 (MQ=255)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`