| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,090,341 | Δ1 bp | intergenic (+89/‑6) | yggI → / → endA | conserved protein YggI/DNA‑specific endonuclease I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,090,341 | 0 | T | . | 91.3% | 554.1 / 58.3 | 138 | intergenic (+89/‑6) | yggI/endA | conserved protein YggI/DNA‑specific endonuclease I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/6); new base . (56/70); total (62/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCGGTGGTACTGAGCG > NC_000913/3090293‑3090386 | cATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGt < 2:5166833/49‑1 (MQ=255) aCCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGt > 2:4321893/1‑50 (MQ=255) ccAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGc > 1:4283510‑M1/1‑49 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcct < 1:2080268‑M1/50‑4 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 2:3297919‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:4645545‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcc > 1:2187256‑M1/1‑47 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta < 2:870315‑M1/50‑5 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 2:2921514‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta > 1:3989032‑M1/1‑46 (MQ=255) aaaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGccta < 2:729290‑M1/50‑5 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctac < 2:4557157‑M1/50‑6 (MQ=255) aaCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctac < 2:3717156‑M1/50‑6 (MQ=255) aCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctaca < 2:2454819‑M1/50‑7 (MQ=255) aCAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctaca < 2:3618933‑M1/50‑7 (MQ=255) cAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTAc < 2:3993048/50‑1 (MQ=255) cAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacac < 2:2051663‑M1/50‑8 (MQ=255) cAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacac < 2:3420046‑M1/50‑8 (MQ=255) cAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacac < 2:754‑M1/50‑8 (MQ=255) cAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacac > 2:4368399‑M1/1‑43 (MQ=255) aGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacact < 2:3297132‑M1/50‑9 (MQ=255) aGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacact < 1:3174797‑M1/50‑9 (MQ=255) aGCTTTCGCTACGTTGCTGGCACGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacac > 2:4998834‑M1/1‑42 (MQ=255) gCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacacta < 2:520607‑M1/50‑10 (MQ=255) gCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacacta < 2:2744425‑M1/50‑10 (MQ=255) cTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactag < 2:3215135‑M1/50‑11 (MQ=255) cTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactag < 1:510990‑M1/50‑11 (MQ=255) tCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcg < 1:1351339‑M1/49‑13 (MQ=255) tCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagc < 2:2332032‑M1/48‑12 (MQ=255) tCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagc < 1:3478765‑M1/48‑12 (MQ=255) tCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagc < 1:751800‑M1/48‑12 (MQ=255) cGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgg > 1:2766821‑M1/1‑36 (MQ=255) gCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTAttt < 1:3382643/50‑1 (MQ=255) gCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTAtt < 1:789415/49‑1 (MQ=255) gCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcggga > 2:1568638‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcggga > 1:3035671‑M1/1‑35 (MQ=255) gCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcggga < 1:3804994‑M1/50‑16 (MQ=255) cTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTg < 1:3673851/50‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTg < 2:2227037/50‑1 (MQ=255) cTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggat > 2:3152659‑M1/1‑34 (MQ=255) cTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggat < 1:3160181‑M1/50‑17 (MQ=255) cTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggat > 2:3919909‑M1/1‑34 (MQ=255) aCGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattc > 1:4788841‑M1/1‑32 (MQ=255) cGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattct < 1:1150948‑M1/50‑20 (MQ=255) cGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattct < 2:452261‑M1/50‑20 (MQ=255) cGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattct > 2:5082734‑M1/1‑31 (MQ=255) cGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattct < 1:2822067‑M1/50‑20 (MQ=255) cGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggatt < 1:90024‑M1/48‑18 (MQ=255) gTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTa > 2:155330/1‑50 (MQ=255) gTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctt > 1:1675712‑M1/1‑30 (MQ=255) gTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctt < 1:3683300‑M1/50‑21 (MQ=255) tGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttt > 2:422620‑M1/1‑28 (MQ=255) tGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttt > 2:594941‑M1/1‑28 (MQ=255) gCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattcttttt > 2:484779‑M1/1‑27 (MQ=255) gCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttt < 2:4158347‑M1/49‑23 (MQ=255) cTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttg > 1:4939353‑M1/1‑26 (MQ=255) cTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttg < 1:1769069‑M1/50‑25 (MQ=255) ggCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgt > 1:4815325‑M1/1‑24 (MQ=255) gCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgtta < 2:2597606‑M1/50‑28 (MQ=255) gCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgtta < 2:814676‑M1/50‑28 (MQ=255) gCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgtt > 2:5085542‑M1/1‑23 (MQ=255) cTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaa > 1:5092906‑M1/1‑22 (MQ=255) cTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaa < 1:4873930‑M1/50‑29 (MQ=255) tCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCgg > 1:1838511/1‑50 (MQ=255) gTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCggt < 1:4709629/49‑1 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 2:1674215‑M1/1‑19 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccc > 2:1506850‑M1/1‑19 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacc < 2:1006559‑M1/49‑31 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaac < 1:3770749‑M1/48‑30 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaac < 2:3832383‑M1/48‑30 (MQ=255) gTTTTAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaac < 1:1114429‑M1/48‑30 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 2:2253946‑M1/1‑18 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 2:2094876‑M1/1‑18 (MQ=255) ttttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattatttttgttaacccc > 2:2146624‑M1/1‑18 (MQ=255) tttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 2:1394446‑M1/1‑17 (MQ=255) tttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 1:4604788‑M1/1‑17 (MQ=255) tttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccc > 1:3390080‑M1/1‑17 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttgacccct < 1:454416‑M1/49‑34 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccccta > 1:219016‑M1/1‑16 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccct < 2:463318‑M1/49‑34 (MQ=255) ttAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccct < 2:3082807‑M1/49‑34 (MQ=255) tAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac > 2:1831860‑M1/1‑15 (MQ=255) tAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac > 1:3871945‑M1/1‑15 (MQ=255) tAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac > 1:5106027‑M1/1‑15 (MQ=255) tAACACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaaccccta < 1:757265‑M1/49‑35 (MQ=255) aaCACGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctac < 1:1872211‑M1/49‑36 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctgccc < 2:395694‑M1/50‑38 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctaccc < 2:3617555‑M1/50‑38 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctaccc < 2:2288325‑M1/50‑38 (MQ=255) acacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctaccc < 1:4887435‑M1/50‑38 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctgcccc < 2:5246845‑M1/50‑39 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccc < 1:4983152‑M1/50‑39 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccc < 2:1154727‑M1/50‑39 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctaccc > 2:3569445‑M1/1‑12 (MQ=255) cacGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctaccc > 2:2528272‑M1/1‑12 (MQ=255) acGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCGGTGGTACTGAg > 2:4597991/1‑50 (MQ=255) acGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccca < 2:4510506‑M1/50‑40 (MQ=255) acGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccca > 2:3460901‑M1/1‑11 (MQ=255) acGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccca < 2:3690400‑M1/50‑40 (MQ=255) acGGAG‑AAGTGcctacactagcgggattctttttgttaacccctacccca < 2:1753220‑M1/50‑40 (MQ=255) | CATACCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTGATGTACCGTTATTTGTCTATTGCTGCGGTGGTACTGAGCG > NC_000913/3090293‑3090386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |