| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 137 [8] | [13] 141 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 8 (0.070) | 121 (1.130) | 71/96 | 0.0 | 92.1% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 13 (0.120) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:3026/1‑50TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT > 1:2560233/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 2:4449432/1‑50 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 1:950627/49‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:1529586/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 2:3487507/49‑1 TAACGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 2:2652013/1‑50 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:1296817/1‑50 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 2:1816455/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:176110/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 2:500451/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 2:4161208/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 2:1457454/50‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC < 2:1725277/50‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 2:5148015/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT < 2:1130880/49‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 1:5230242/50‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:1411763/1‑49 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 2:2158918/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 2:103352/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 2:4540406/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:2814670/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:1340742/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 1:848237/50‑1 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 2:3326460/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:1191169/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:877235/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:5074523/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG < 2:857690/49‑1 ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG < 1:49786/50‑1 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:3252063/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:1240700/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1109888/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:3242648/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:3688720/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:1218345/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:3702101/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 2:4950560/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 2:3422396/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1432224/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 2:181318/1‑50 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:4529489/49‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:2083859/49‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 2:373998/1‑49 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:5281399/1‑49 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:2232886/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 1:600380/49‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:4499614/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 1:626353/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 2:3808602/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:3287662/1‑49 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:899299/50‑1 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 2:1994791/50‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 1:2763371/1‑49 CTTATATGCTTACGGGTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 2:41112/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:2112628/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:4254703/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 2:3852239/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:2177590/1‑49 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 2:2283114/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 2:1602150/49‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:1602512/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:1585917/49‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAAAATG < 2:288951/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 2:4879485/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:5105664/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 2:1894505/49‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 2:2337711/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 2:3615010/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 2:1492896/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 2:4834237/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 2:784478/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:4434461/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:23913/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:1029114/1‑50 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 2:3578880/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 2:2552497/49‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:2444143/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 2:2748588/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 2:481618/1‑50 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:3216089/1‑49 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:5121911/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 2:1310034/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 2:39221/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 2:3478614/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 2:1014139/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 2:4030514/48‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:1075660/48‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 2:1090387/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:1016399/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:2510773/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:4290299/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:4555355/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:3883202/49‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:2187193/1‑50 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 2:816435/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 2:4495619/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 1:2094863/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 2:4771874/1‑49 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 2:1126853/49‑1 TATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101347‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |