| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 366,351 | 0 | A | T | 72.5% | 363.6 / 152.8 | 178 | intergenic (‑46/+77) | lacZ/lacI | beta‑galactosidase/DNA‑binding transcriptional repressor LacI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/27); new base T (69/60); total (91/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
TCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTG > NC_000913/366302‑366400 | taTAGCTGTTTTCTGTGAGAAATTGTTATCCGCCCACAATTCCACacaa > 2:2424357/2‑49 (MQ=38) cATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACacaa > 1:2876219/1‑49 (MQ=255) aTAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACacaaca > 1:553861/1‑50 (MQ=255) tAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACacaaca > 1:3797315/1‑49 (MQ=255) tGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATAc > 1:4535229/1‑48 (MQ=255) tttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACGCAACATACGAGc < 1:432681/50‑1 (MQ=255) tttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGc < 2:2590476/50‑1 (MQ=255) tttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGc < 2:115037/50‑1 (MQ=255) ttCCTGTGTGTAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGCGcc > 1:625691/1‑50 (MQ=255) ttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGcc > 1:819888/1‑50 (MQ=255) ttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGcc > 1:974003/1‑50 (MQ=255) ttCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGcc > 1:378494/1‑50 (MQ=255) tCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTTACAATTCCACACAACATACGAGcc < 2:4665172/49‑1 (MQ=255) tCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGcc < 1:3341979/49‑1 (MQ=255) tCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCg > 1:1134350/1‑50 (MQ=255) ccTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCg < 1:1491729/49‑1 (MQ=255) cTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACCTTATACGAGCCGGA > 1:2212312‑M1/1‑50 (MQ=255) cTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGA > 1:1073061‑M1/1‑50 (MQ=255) tgtgtgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAt > 1:1637149‑M1/1‑49 (MQ=255) tgtgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtga > 2:3803426‑M1/1‑47 (MQ=255) tgtgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAt < 2:3550813‑M1/48‑2 (MQ=255) tgtgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGc < 2:3974656/50‑1 (MQ=255) gtgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgat > 2:52834‑M1/1‑46 (MQ=255) tgAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgat < 2:4453613‑M1/49‑5 (MQ=255) gAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgatt > 1:1867069‑M1/1‑44 (MQ=255) aaaTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaa > 2:167381‑M1/1‑43 (MQ=255) aaaTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaa < 2:2401860‑M1/50‑8 (MQ=255) aaaTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATaa < 1:4957213/50‑1 (MQ=255) aaaTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATaa < 1:2057560/50‑1 (MQ=255) aaTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaat < 2:4803457‑M1/50‑9 (MQ=255) aTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaatt < 2:1558310‑M1/50‑10 (MQ=255) aTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaatt < 1:1458626‑M1/50‑10 (MQ=255) aTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaatt > 1:3494314‑M1/1‑41 (MQ=255) aTTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAg < 1:3404796/50‑1 (MQ=255) ttGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattg < 2:1651771‑M1/50‑11 (MQ=255) ttGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattg < 1:2478312‑M1/50‑11 (MQ=255) gTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgt < 2:3830564‑M1/49‑12 (MQ=255) gTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgt < 2:646381‑M1/49‑12 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtca < 1:3762394‑M1/50‑14 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtca < 1:3261398‑M1/50‑14 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtca < 2:5383268‑M1/50‑14 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtc > 1:5095634‑M1/1‑37 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtc > 1:2607463‑M1/1‑37 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtc > 2:898521‑M1/1‑37 (MQ=255) ttATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAgtgt < 1:3736392/49‑1 (MQ=255) tATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaa > 1:1787913‑M1/1‑36 (MQ=255) tATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTa > 1:2702939/1‑49 (MQ=255) ctcCGCTCACAATTCCACACATTCTACGAGCCGGAtgattaattgtcaa < 2:2895154‑M1/48‑15 (MQ=255) aTCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaa > 2:4561917‑M1/1‑35 (MQ=255) aTCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaa > 2:2670356‑M1/1‑35 (MQ=255) aTCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaa > 2:3257270‑M1/1‑35 (MQ=255) aTCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaa > 1:4614740‑M1/1‑35 (MQ=255) tCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaaca < 2:541429‑M1/50‑17 (MQ=255) tCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaac < 2:4974539‑M1/49‑16 (MQ=255) tCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAg < 1:2972418/50‑1 (MQ=255) ccGCTCACAATTTCACACAACATACGACCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGc > 1:4848672/1‑50 (MQ=255) cGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagc < 2:4146055‑M1/50‑19 (MQ=255) cGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGcc < 1:1250603/50‑1 (MQ=255) gCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagct > 2:845616‑M1/1‑31 (MQ=255) gCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagct > 2:251959‑M1/1‑31 (MQ=255) gCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagct < 2:178512‑M1/50‑20 (MQ=255) gCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagct < 1:3686770‑M1/50‑20 (MQ=255) cTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagct > 1:3813261‑M1/1‑30 (MQ=255) cacaATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcat > 2:2988714‑M1/1‑28 (MQ=255) acaATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatt < 1:3995780‑M1/50‑24 (MQ=255) acaATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatt > 2:3323130‑M1/1‑27 (MQ=255) acaATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcat < 1:2831043‑M1/49‑23 (MQ=255) acaATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcat < 2:1175129‑M1/49‑23 (MQ=255) acaATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTgggg > 1:1678691/1‑50 (MQ=255) acaATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTgggg > 2:4730929/1‑50 (MQ=255) caATTCCACGCAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGt < 1:3528701/50‑1 (MQ=255) caATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcattt > 2:683328‑M1/1‑26 (MQ=255) caATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcattt < 2:4782933‑M1/50‑25 (MQ=255) caATTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcattt > 1:2305401‑M1/1‑26 (MQ=255) caATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGt < 2:1065608/50‑1 (MQ=255) caATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGt > 1:4705130/1‑50 (MQ=255) aaTTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttc < 1:1726308‑M1/50‑26 (MQ=255) aaTTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttc < 2:4238484‑M1/50‑26 (MQ=255) aaTTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTg > 1:785433/1‑50 (MQ=255) aaTTCCACACAACATACCATCCGGCAGCATACAGTGTAAAGCCTggggag > 2:232096/1‑48 (MQ=25) aTTCGACACATTATACGAGCCGGAtgattacttgtcaacagctcattt > 2:3114441‑M1/1‑24 (MQ=255) aTTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttca < 2:275738‑M1/50‑27 (MQ=255) aTTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcattt > 2:1380188‑M1/1‑24 (MQ=255) aTTCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcattt > 1:3204782‑M1/1‑24 (MQ=255) ttCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGcc < 1:1932866/50‑1 (MQ=255) tCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcctttcag > 2:4042721‑M1/1‑22 (MQ=255) tCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcag > 1:4162764‑M1/1‑22 (MQ=255) tCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcag > 2:3365461‑M1/1‑22 (MQ=255) tCCACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcag > 1:1297247‑M1/1‑22 (MQ=255) ccACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcaga < 1:3157526‑M1/49‑29 (MQ=255) ccACACATTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcaga < 2:3201686‑M1/49‑29 (MQ=255) cacacaTTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcagaat < 1:5117494‑M1/50‑31 (MQ=255) cacacaTTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcagaat < 1:2918512‑M1/50‑31 (MQ=255) cacacaTTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcagaa > 1:105612‑M1/1‑20 (MQ=255) cacacaTTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcagaa > 2:1335664‑M1/1‑20 (MQ=255) cacacaACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTaa > 2:2046311/1‑50 (MQ=255) acacaTTATACGAGCCGGAtgattaattgtcaacagctcatttcagaata > 1:1556362‑M1/1‑19 (MQ=255) acaacaTACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAAt > 1:5033802/1‑48 (MQ=255) aacaTACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAAtgagt < 1:38434/50‑1 (MQ=255) acaTGCGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAAtgagtg < 2:1296052/50‑1 (MQ=255) | TCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTG > NC_000913/366302‑366400 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |