| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,350,853 | 0 | A | C | 28.7% | 296.6 / 27.3 | 136 | S725A (TCA→GCA) | arcB | sensory histidine kinase ArcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/33); new base C (0/39); total (64/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTA > NC_000913/3350804‑3350902 | ggAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGa > 1:839236/1‑50 (MQ=255)ggAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGa < 1:235530/50‑1 (MQ=255)ggAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGa < 2:613387/50‑1 (MQ=255) gagaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAc < 2:1951034/50‑1 (MQ=255) gagaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAc < 2:4290799/50‑1 (MQ=255) agaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcc < 1:3512136/50‑1 (MQ=255) gaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAccc < 2:1286416/50‑1 (MQ=255) gaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAccc < 2:3646398/50‑1 (MQ=255) gaCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAccc < 2:4233898/50‑1 (MQ=255) aCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc < 2:1579393/50‑1 (MQ=255) aCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc < 1:3080710/50‑1 (MQ=255) aCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc < 1:1419408/50‑1 (MQ=255) aCTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGAcccc < 2:4844882/50‑1 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccg > 2:5231340/1‑50 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccg > 2:1447071/1‑50 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccg > 2:2100800/1‑50 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccg > 2:4454958/1‑50 (MQ=255) cTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGAGTAACCCCACTGACCccg > 2:1889440/1‑50 (MQ=255) gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc > 2:5039404/1‑50 (MQ=255) aaTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgccg > 2:1095790/1‑50 (MQ=255) aaTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc < 1:4814651/49‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgcc < 2:727725/49‑1 (MQ=255) aaTTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCccgc < 2:2676880/48‑1 (MQ=255) tGCTGGCCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAc < 2:4211614/49‑1 (MQ=255) tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAcc > 2:3484549/1‑50 (MQ=255) tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCAc < 2:1039417/49‑1 (MQ=255) gCTGCCCCAGCTGTTGAAGAGGGCTTACCCCCACGGCCCCCGCCGCAcc < 2:3382144/49‑1 (MQ=255) gACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCttt > 2:630512/1‑49 (MQ=255) ccccAGTTGTTGCAGAGGGCATAACCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTaa < 2:4703739/49‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAAtt < 1:4143661/50‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtt > 1:4418283/1‑50 (MQ=255) ccAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAtt > 2:1441741/1‑50 (MQ=255) cAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAttt > 1:362491/1‑50 (MQ=255) aGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAAttt > 1:3004551/1‑49 (MQ=255) ttGTTGGGGATGGCTTACCCCCATAACCCCCGCCGCACCTTTAATTTTa < 2:3722073/48‑1 (MQ=255) ttGTTGAAGTTGGCGAAACCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt < 2:3843765/49‑1 (MQ=255) cTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt > 1:1596617/1‑50 (MQ=255) cTGTTGCAGATGGCGTAA‑CCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg > 1:1457543/1‑50 (MQ=255) cTGTTGAAGATGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTAt < 1:2049085/50‑1 (MQ=255) tGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg > 2:328218/1‑50 (MQ=255) gTTGCAGAGGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATg < 2:2878713/49‑1 (MQ=39) ttGCAGGTGGCTTACCCCCTCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:3358368/50‑1 (MQ=255) tggCAGAGGGCGTAACCCCCCGGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGt < 1:4551854/47‑1 (MQ=25) tGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcc > 2:2891622/1‑50 (MQ=255) tGCAGATGGCGCAAACCCACTGACCGCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcc > 2:3234355/1‑50 (MQ=255) gCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcct > 1:783820/1‑50 (MQ=255) gCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcct > 2:2670350/1‑50 (MQ=255) gCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcct > 2:3618507/1‑50 (MQ=255) gCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcct > 1:731009/1‑50 (MQ=255) cAGATGGCGTAACCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 1:4758894/50‑1 (MQ=255) cAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt > 1:5291196/1‑50 (MQ=255) cAGAGGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtcctt < 2:1019605/50‑1 (MQ=255) agagGGCGTACCCCCGCTACCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc < 1:4838272/50‑1 (MQ=255) aGATGGCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc < 1:2784471/50‑1 (MQ=255) ggtGGCGTACCCCCCCTACCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc < 1:2288963/48‑1 (MQ=255) gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 1:5039670/1‑50 (MQ=255) gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcc > 2:512856/1‑50 (MQ=255) tgggCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 1:2594836/48‑1 (MQ=255) ggggCTTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 2:4101985/48‑1 (MQ=255) agggCGTAACCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 2:3282703/48‑1 (MQ=255) aTGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct < 1:3222415/50‑1 (MQ=255) aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttcct > 2:1916062/1‑50 (MQ=255) gggCGTCCCCCCTCAGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTc < 2:4875417/49‑1 (MQ=255) gCGTACCCCCCCTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa < 1:3408443/50‑1 (MQ=255) gCGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTca < 1:4448041/49‑1 (MQ=39) gCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa > 2:3382927/1‑50 (MQ=255) gCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa > 1:751158/1‑50 (MQ=255) ccGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaa < 2:1708489/49‑1 (MQ=255) cGTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac < 1:1150381/50‑1 (MQ=255) cGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac < 1:4691894/50‑1 (MQ=255) gTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 1:4934498/50‑1 (MQ=255) gTACCCCCACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 2:5004969/50‑1 (MQ=255) gTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 1:1245384/50‑1 (MQ=255) gTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaac > 1:1074635/1‑49 (MQ=255) gTAACCCCACGGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaaca < 1:2821401/50‑1 (MQ=255) tAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaacaa > 1:4938880/1‑50 (MQ=255) tAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTcaacaa > 1:2893842/1‑50 (MQ=255) aaCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt > 1:1971792/1‑50 (MQ=255) aaCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt > 2:1933748/1‑50 (MQ=255) aaCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt > 1:4236842/1‑50 (MQ=255) aaCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt > 2:4728716/1‑50 (MQ=255) cccccACTTACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAAt < 2:3699542/48‑1 (MQ=255) cccccACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATg < 2:1821052/49‑1 (MQ=255) aCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATg > 1:471273/1‑50 (MQ=255) ccccccTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc < 1:152526/50‑1 (MQ=255) ccccACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc < 1:2298963/50‑1 (MQ=255) ccccACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGc > 2:4977997/1‑50 (MQ=255) cACTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt < 2:4091252/50‑1 (MQ=255) cACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt > 2:2359328/1‑50 (MQ=255) cACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt > 2:1099250/1‑50 (MQ=255) cACTAACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtt < 1:919387/50‑1 (MQ=255) aCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttt > 1:259431/1‑50 (MQ=255) aCTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttt < 2:2029508/50‑1 (MQ=255) cTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt < 2:2395879/50‑1 (MQ=255) cTGCCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt < 1:1667887/50‑1 (MQ=255) cTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt > 1:647148/1‑50 (MQ=255) cTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCtttt > 2:5259059/1‑50 (MQ=255) tGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt > 2:2224478/1‑50 (MQ=255) gACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt > 2:919674/1‑49 (MQ=255) gACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCttttt > 2:4436051/1‑49 (MQ=255) | GGAGACTGAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTA > NC_000913/3350804‑3350902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |