| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,406,141 | A→G | R167R (CGT→CGC) | lrhA ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,406,141 | 0 | A | G | 83.9% | 355.2 / 57.2 | 130 | R167R (CGT→CGC) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/8); new base G (66/43); total (79/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATC > NC_000913/2406094‑2406189 | ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:3986639/1‑50 (MQ=255) tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 2:4895224/1‑49 (MQ=255) tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 2:1586410/1‑49 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACg > 1:641070/1‑48 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg > 1:3831898/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg > 1:3431226/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg > 2:3658119/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg > 1:2750359/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg < 1:4492462/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 2:3726426/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 2:416039/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 2:1513806/49‑1 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 2:2150419/1‑50 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 2:1593951/1‑49 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 2:3849344/1‑49 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 2:786455/1‑49 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc < 1:3550886/50‑1 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc < 1:1278616/50‑1 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGtt > 2:1516460/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 2:2022997/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 1:295731/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa < 2:599241/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCa < 1:306155/50‑1 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 1:766890/1‑50 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 1:4806679/1‑50 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 2:5284253/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt < 1:3223832/50‑1 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt > 1:5156/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt < 1:844519/50‑1 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt > 1:1484060/1‑50 (MQ=255) gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg > 2:1937877/1‑50 (MQ=255) tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGc > 1:986430/1‑50 (MQ=255) aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc > 2:2349689/1‑50 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt > 1:5035230/1‑50 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt > 1:2879590/1‑50 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCt < 1:4313078/50‑1 (MQ=255) ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCt < 1:947097/50‑1 (MQ=255) ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt < 1:3259183/49‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa < 2:2806497/50‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa < 2:267735/50‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa < 2:4056998/50‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa < 1:3728204/50‑1 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa > 2:1569338/1‑49 (MQ=255) cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGATCAATGCCTTa > 1:1343838/1‑49 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 2:529000/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 2:3401467/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa < 1:878943/50‑1 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTaaa < 2:1482815/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 1:281711/1‑50 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 2:1881707/1‑50 (MQ=255) gcgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc > 1:4858545/1‑50 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg < 1:4056020/48‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg < 2:3801999/48‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt < 1:2318604/50‑1 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 2:2731429/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 2:3919975/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:2483901/1‑49 (MQ=255) cAGTACCAGTGTTTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGa < 2:2124744/50‑1 (MQ=255) cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 2:4016166/1‑49 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa < 2:539984/50‑1 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa < 2:4310284/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 2:1763712/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:3171490/1‑50 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 2:2370345/50‑1 (MQ=255) aCCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa > 1:1357796/1‑50 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa < 2:4885671/49‑1 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc < 2:1466778/50‑1 (MQ=255) ccAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:3763134/1‑50 (MQ=255) cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:2672867/1‑49 (MQ=255) cAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGAc > 1:5238698/1‑49 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 1:1969929/1‑50 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 1:4429469/1‑50 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 1:487802/1‑50 (MQ=255) aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa > 2:1414164/1‑50 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt < 2:5037038/50‑1 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt < 1:4393998/50‑1 (MQ=255) gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt > 2:284515/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:1501107/1‑50 (MQ=255) gtgtTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg > 2:1507514/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 2:3159591/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 2:4311251/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCTTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 1:2002486/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 1:2687465/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 2:4443307/1‑50 (MQ=255) ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt < 2:2948251/49‑1 (MQ=255) ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt < 2:2404913/49‑1 (MQ=255) tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTCAACGCTGAAGGACGATGggtgg > 2:4446744/1‑50 (MQ=38) tGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg > 2:4753023/1‑50 (MQ=255) ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg < 2:2636331/49‑1 (MQ=255) gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 2:773827/1‑49 (MQ=255) gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 1:1243626/1‑49 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa < 2:875901/50‑1 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa < 2:3709288/50‑1 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:3897559/1‑50 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc < 1:1495933/50‑1 (MQ=255) gAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:2264224/1‑50 (MQ=255) gAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 2:5377062/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc < 1:64313/50‑1 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:1741742/1‑49 (MQ=255) tACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATc < 1:3011959/50‑1 (MQ=255) | TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCATC > NC_000913/2406094‑2406189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |