| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 257,794 | T→C | intergenic (+23/‑35) | frsA → / → crl | fermentation‑respiration switch protein/RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 257,794 | 0 | T | C | 88.1% | 424.2 / 40.5 | 134 | intergenic (+23/‑35) | frsA/crl | fermentation‑respiration switch protein/RNA polymerase holoenzyme assembly factor Crl |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/4); new base C (67/51); total (79/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGTAAAACAGTTGCATCACAACAGGAGATAGCAATGACGTTACCG > NC_000913/257747‑257840 | cTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTg < 2:2412239/50‑1 (MQ=255)cTGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTg < 1:2240914/50‑1 (MQ=255) tGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg > 2:2664295/1‑50 (MQ=255) tGGATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg > 2:1934966/1‑50 (MQ=255) ggATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg > 2:4083897/1‑49 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTgg < 2:3118456/48‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATTTGGt > 2:4621530/1‑49 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg < 1:4181815/48‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTgg < 2:5040618/48‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGt < 2:1270868/49‑1 (MQ=255) gATCGAAAAACGCTTGTGTTAAAAATTTGCTAAATTTTGCCAATCTGGTa < 2:4092134/50‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |