| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,829,233 | C→A | L97M (CTG→ATG) | xanP → | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 86.6% | 307.7 / 44.2 | 112 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/6); new base A (49/48); total (58/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829188‑3829279 | gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt > 2:4382149/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg < 2:1212991/50‑1 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 1:4462927/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt > 2:1544162/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:2973132/1‑50 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:1336382/1‑49 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:5328816/1‑49 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 2:2044483/1‑49 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCt < 1:1261022/49‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTa > 2:700597/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTa > 2:3091301/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 2:5198587/49‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:3727168/50‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:935262/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 2:3773068/50‑1 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGATGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 2:277643/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:206984/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:366944/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:3082712/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 1:4615505/50‑1 (MQ=255) tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2938383/1‑49 (MQ=255) tattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:772553/1‑49 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:85451/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:757314/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:1371170/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 2:506325/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGCCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAg > 2:5053335/1‑50 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 1:1789249/1‑50 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 1:404866/49‑1 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:892543/49‑1 (MQ=255) aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg > 2:74480/1‑49 (MQ=255) aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 2:4172233/1‑50 (MQ=255) aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:4272625/1‑50 (MQ=255) tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:4164290/1‑48 (MQ=255) tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 2:2590875/1‑48 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:1796672/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3351606/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:615310/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:2097018/1‑50 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4481459/1‑50 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4697356/1‑50 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 2:620638/1‑50 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:975592/49‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 2:934663/1‑50 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 2:5242506/1‑50 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 2:969800/50‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:2569700/50‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:877385/50‑1 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:35370/1‑49 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:3448181/1‑49 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:4432323/50‑1 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 2:1640946/50‑1 (MQ=255) cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc > 1:2995044/1‑49 (MQ=255) cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:1531026/50‑1 (MQ=255) cTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCa < 1:3116686/50‑1 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:1471588/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:1333272/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:2764086/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:5200701/1‑50 (MQ=255) ggggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 2:2931686/1‑50 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt < 2:4278101/50‑1 (MQ=255) ggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt > 2:3802803/1‑50 (MQ=255) ggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACtt < 1:233099/50‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:4809961/50‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:3396515/50‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:3054092/1‑50 (MQ=255) ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:4925217/1‑50 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:212273/50‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 1:1964821/50‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt < 2:4140282/50‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:2339389/49‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:520640/49‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:1184136/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:3029179/50‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:2251444/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 2:369878/1‑50 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:1407096/1‑50 (MQ=255) ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 2:1680638/50‑1 (MQ=255) ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc > 1:4071464/1‑50 (MQ=255) tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:415699/1‑50 (MQ=255) tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:3090587/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 1:5391997/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 2:1428670/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc < 1:4419673/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 2:77710/1‑50 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 2:436252/1‑50 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 2:2098673/50‑1 (MQ=255) tCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:373920/1‑50 (MQ=255) ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 1:419323/1‑49 (MQ=255) ccGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:3217221/1‑49 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa < 1:1490986/50‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:4149808/48‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:1500372/48‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 2:4763890/49‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 2:2396821/1‑50 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:4668429/1‑50 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTAGTTGCCCTGCt < 2:5303824/48‑1 (MQ=38) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:3537440/1‑50 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 2:4757684/1‑50 (MQ=255) ggCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:2565357/1‑49 (MQ=255) | GCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829188‑3829279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |