| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,850,891 | G→A | Q68* (CAA→TAA) | ilvN ← | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 81.6% | 367.0 / 77.5 | 147 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/15); new base A (48/72); total (60/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
TCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGA > NC_000913/3850842‑3850938 | tcggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTg < 1:4295588/50‑1 (MQ=255) ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc < 1:609189/50‑1 (MQ=255) ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:1658050/1‑50 (MQ=255) aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:679793/1‑49 (MQ=255) aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:807838/1‑49 (MQ=255) cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 1:349781/50‑1 (MQ=255) cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 2:436948/50‑1 (MQ=255) cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 1:2121549/50‑1 (MQ=255) gATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 2:4798189/1‑49 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatca > 1:2499034/1‑50 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatc < 1:736439/49‑1 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 2:4455658/1‑50 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 2:1335952/49‑1 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 2:1809039/49‑1 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat < 1:2189503/48‑1 (MQ=255) ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatcat > 2:1066406/1‑50 (MQ=255) ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTatcat > 2:170983/1‑50 (MQ=255) tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 1:3063153/1‑50 (MQ=255) aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc < 2:4475293/49‑1 (MQ=255) aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc < 1:1245110/49‑1 (MQ=255) aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc < 1:1496875/49‑1 (MQ=255) cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt < 2:2969830/49‑1 (MQ=255) cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCt < 2:2345351/49‑1 (MQ=255) cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 2:532485/49‑1 (MQ=255) 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cACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCa < 1:2072434/50‑1 (MQ=255) aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTc > 1:1334618/1‑47 (MQ=255) aCTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAg < 1:4904578/50‑1 (MQ=255) cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa < 2:4920251/50‑1 (MQ=255) tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc > 1:4214060/1‑50 (MQ=255) ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:4498384/1‑50 (MQ=255) tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc < 2:4562689/48‑1 (MQ=255) tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg < 2:3413838/49‑1 (MQ=255) tCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg < 1:985634/49‑1 (MQ=255) cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGc < 2:1845392/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 2:4970785/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:2494472/1‑50 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:691558/1‑50 (MQ=255) cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 1:5004129/50‑1 (MQ=255) cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 2:2806892/50‑1 (MQ=255) gACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 2:2590086/1‑50 (MQ=255) gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt < 1:1988881/50‑1 (MQ=255) aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 2:4635136/50‑1 (MQ=255) aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc > 2:3202175/1‑50 (MQ=255) cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg > 2:2933225/1‑50 (MQ=255) cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg > 2:3654046/1‑50 (MQ=255) cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg < 2:3744481/50‑1 (MQ=255) cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg < 1:966514/50‑1 (MQ=255) cATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcg < 1:473795/50‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt < 2:5153426/50‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt < 1:5347005/50‑1 (MQ=255) 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gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 1:1846250/50‑1 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:1742888/1‑49 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:5234521/1‑49 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc < 2:5256098/49‑1 (MQ=255) aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:4477836/1‑48 (MQ=255) aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:106785/1‑48 (MQ=255) aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 2:3773392/50‑1 (MQ=255) aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 1:3994410/50‑1 (MQ=255) aTTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCa < 2:5039316/50‑1 (MQ=255) tttAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAg < 2:1525915/50‑1 (MQ=255) tGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGa > 1:4208519/1‑49 (MQ=255) | TCGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGA > NC_000913/3850842‑3850938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |