| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,354,915 | G→A | intergenic (‑198/+39) | lysU ← / ← dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,354,915 | 0 | G | A | 91.3% | 539.0 / 34.3 | 163 | intergenic (‑198/+39) | lysU/dtpC | lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base A (69/78); total (77/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961 | aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:5361767/50‑1 (MQ=255)aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa < 1:4485686/50‑1 (MQ=255) aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaaa < 1:5169317/50‑1 (MQ=255) tGGTTTAAATGACTTATTACTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg > 2:3717023/1‑50 (MQ=255) tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg < 2:2903111/50‑1 (MQ=255) gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt < 1:3250056/50‑1 (MQ=255) gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:3345961/49‑1 (MQ=255) gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 2:64319/49‑1 (MQ=255) gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt < 1:3524447/49‑1 (MQ=255) tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 2:4004477/1‑49 (MQ=255) tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt > 2:148045/1‑49 (MQ=255) ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 2:1438543/1‑50 (MQ=255) ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 2:2414676/1‑50 (MQ=255) ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa > 1:734726/1‑50 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 2:4201975/49‑1 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 1:4278672/49‑1 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa < 2:603283/49‑1 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 2:501850/1‑50 (MQ=255) tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt > 2:1704818/1‑50 (MQ=255) aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAAtt > 2:877945/1‑50 (MQ=255) aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt > 1:2689214/1‑50 (MQ=255) aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 1:132562/50‑1 (MQ=255) aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt < 2:4041027/50‑1 (MQ=255) aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:2208703/49‑1 (MQ=255) aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 2:2507691/49‑1 (MQ=255) aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt < 1:674714/49‑1 (MQ=255) aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa > 1:3980129/1‑50 (MQ=255) tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt < 2:4187399/50‑1 (MQ=255) gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt > 2:1712884/1‑50 (MQ=255) aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt < 2:2367604/49‑1 (MQ=255) cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:900205/1‑50 (MQ=255) cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 1:3335664/50‑1 (MQ=255) cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:2117683/1‑50 (MQ=255) cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa < 2:3192565/50‑1 (MQ=255) ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCa > 2:4172499/1‑49 (MQ=255) ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa > 1:289494/1‑49 (MQ=255) tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 2:2010556/1‑49 (MQ=255) tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt > 1:2244446/1‑49 (MQ=255) attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATa < 1:3399476/49‑1 (MQ=255) attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa < 1:1101467/49‑1 (MQ=255) ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa < 2:3626198/49‑1 (MQ=255) ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:1791254/50‑1 (MQ=255) ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:5323889/50‑1 (MQ=255) ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc < 1:3305035/50‑1 (MQ=255) taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc > 1:1898472/1‑49 (MQ=255) aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTCAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:3015049/1‑49 (MQ=255) aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 1:3096253/49‑1 (MQ=255) aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc < 2:1821716/49‑1 (MQ=255) aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:904076/1‑49 (MQ=255) aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa > 1:689366/1‑50 (MQ=255) aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCa < 1:1490825/49‑1 (MQ=255) tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 2:2950866/1‑50 (MQ=255) tctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:4744288/1‑50 (MQ=255) ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 1:1220757/1‑50 (MQ=255) ctcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt > 2:5375791/1‑50 (MQ=255) tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg > 2:899724/1‑50 (MQ=255) cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt > 2:5288649/1‑50 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:1046015/47‑1 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:2764356/47‑1 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATACCCAAtt < 2:386013/47‑1 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:2967057/50‑1 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt > 2:39052/1‑50 (MQ=255) gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt < 1:236715/49‑1 (MQ=255) aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt < 2:3850456/50‑1 (MQ=255) tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 1:1072873/1‑50 (MQ=255) ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:3524436/1‑49 (MQ=255) tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 1:3202792/49‑1 (MQ=255) tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt < 2:2366803/49‑1 (MQ=255) tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa > 1:4879549/1‑50 (MQ=255) gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 2:3036211/49‑1 (MQ=255) gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa < 1:4159823/49‑1 (MQ=255) gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 2:22129/1‑50 (MQ=255) ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc > 2:1407152/1‑49 (MQ=255) ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 2:3434671/49‑1 (MQ=255) ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc < 1:4580948/49‑1 (MQ=255) tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:1317971/1‑50 (MQ=255) aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 1:2296631/1‑49 (MQ=255) aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa > 2:1229846/1‑49 (MQ=255) gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc < 1:5368466/49‑1 (MQ=255) tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 1:4323007/1‑50 (MQ=255) tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg > 2:4435044/1‑50 (MQ=255) tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg < 2:1872989/50‑1 (MQ=255) gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:5118390/1‑50 (MQ=255) ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 1:4030349/49‑1 (MQ=255) ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt < 2:3127082/49‑1 (MQ=255) ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt > 2:1275494/1‑49 (MQ=255) tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt > 1:1911126/1‑49 (MQ=255) ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATCACCAATTGTTTTTACGACCGTTaa > 1:4071184/1‑50 (MQ=255) ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 1:3745115/1‑50 (MQ=255) ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa > 2:3686747/1‑50 (MQ=255) taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 2:2528684/50‑1 (MQ=255) taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 1:5039055/1‑50 (MQ=255) taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt < 2:5015246/50‑1 (MQ=255) taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt > 2:5309614/1‑50 (MQ=255) aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:2086799/1‑50 (MQ=255) aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 2:1667247/1‑50 (MQ=255) aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg > 1:3786000/1‑50 (MQ=255) aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGCTTTTACGACAGCTAATCg > 1:4410179/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 1:2826891/1‑50 (MQ=255) aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGt > 2:3364249/1‑50 (MQ=255) | AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT > NC_000913/4354868‑4354961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |