| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 96.7% | 786.2 / 24.7 | 179 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base . (95/78); total (97/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801023‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1527180/1‑50 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:1969886/50‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 2:2505472/49‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:4398554/49‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:277949/49‑1 (MQ=255) cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:3726705/49‑1 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 2:188321/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 2:486375/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 2:3715766/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 2:1049585/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 2:1298024/48‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:1041535/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:4551425/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:3285969/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc > 1:3511205/1‑50 (MQ=255) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCg < 2:845179/49‑1 (MQ=39) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc < 1:3398190/50‑1 (MQ=255) ttGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGc < 1:99180/50‑1 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 2:4527046/1‑50 (MQ=255) tGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa > 2:1409766/1‑50 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 2:3307928/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 2:443701/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:3821221/49‑1 (MQ=39) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCa < 1:4322677/49‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |