| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 160 [0] | [0] 162 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 149 (1.300) | 72/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCC > 2:1020002/1‑50 ATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:2040748/1‑50 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:4451301/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT > 1:3794420/1‑49 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 1:212333/50‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG > 2:3578974/1‑50 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:3635518/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:1438248/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTA < 1:4401798/49‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG < 2:2066528/50‑1 TCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGG > 1:1983602/1‑50 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1:158110/1‑50 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG < 1:2161451/50‑1 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG < 2:2141885/50‑1 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATG < 1:3567164/50‑1 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT < 2:2305569/49‑1 TTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAAT < 2:180952/49‑1 GTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGT < 2:3844626/49‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 2:416806/49‑1 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:2380626/1‑49 TGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA < 2:1617611/49‑1 GCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTCGTTTGGCTAAATGTAAc > 2:4555416/1‑49 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 1:2760527/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 1:3154248/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 2:2280132/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 1:2643840/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 2:195151/49‑1 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 2:4088659/50‑1 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 2:2263584/1‑49 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 2:3962873/1‑49 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 2:1548882/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT < 2:1949610/50‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:970029/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 1:4049362/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 2:3835430/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:2891496/49‑1 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 2:1226488/1‑50 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 2:599187/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 2:3475518/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 2:4505478/49‑1 GGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTG < 1:1849339/49‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 2:2734232/50‑1 GAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTG < 2:1087813/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT < 1:3432836/50‑1 GGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTT > 2:1430442/1‑50 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 2:2794081/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 1:3378590/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 2:4274949/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 1:1610562/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 1:4264123/50‑1 GTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTT < 2:142937/50‑1 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:2160377/1‑50 TGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTA > 1:2753125/1‑50 GCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > 1:134338/1‑50 GCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT > 1:3868342/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > 1:3199479/1‑50 CCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTAT < 1:3500271/49‑1 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |