| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,388,889 | Δ9,734 bp | ycjG–[uspE] | ycjG, mpaA, ymjC, ymjD, ycjY, pgrR, mppA, ynaI, insH‑4, ynaJ, [uspE] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1388889 | 1398622 | 9734 | 150 [0] | [0] 153 | ycjG–[uspE] | ycjG,mpaA,ymjC,ymjD,ycjY,pgrR,mppA,ynaI,insH‑4,ynaJ,[uspE] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1388888 | 0 (0.000) | 144 (1.260) | 65/96 | 0.0 | 100% | intergenic (‑77/‑42) | tpx/ycjG | lipid hydroperoxide peroxidase/L‑Ala‑D/L‑Glu epimerase |
| ? | NC_000913 | 1398623 = | 0 (0.000) | intergenic (‑1/+151) | uspE/fnr | universal stress protein with a role cellular motility/DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1388840‑1388888‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT > NC_000913/1398623‑1398670 ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA < 2:4267538/50‑1ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT < 1:4190784/49‑1ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT < 2:1106765/49‑1 GTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTA > 2:2540595/1‑48 TCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAG > 2:3387820/1‑50 TCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAG < 2:3393962/50‑1 ACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGG > 1:3148462/1‑50 ACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGG > 2:2721397/1‑50 ACACCTAGTTTATGCCAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGG > 1:922493/1‑50 CACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGT > 1:3425581/1‑50 ACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTC > 2:3088294/1‑50 ACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTC > 2:4353348/1‑50 ACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTC > 2:1134512/1‑50 ACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTC > 2:2738918/1‑50 CCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCT < 1:2105433/50‑1 CTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTC > 2:2114519/1‑50 CTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTC < 1:860705/50‑1 TAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCC > 2:3928939/1‑50 TAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCC > 1:2664064/1‑50 AGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT > 2:3592560/1‑50 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTT < 2:3474914/50‑1 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT > 2:3605600/1‑49 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT < 1:4497319/49‑1 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT > 1:1459919/1‑49 GTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCT < 2:3033070/49‑1 TTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTA < 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2:4331486/1‑50 AATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAC < 2:3671734/49‑1 AATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAAC < 1:1769089/49‑1 ATAACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACG > 1:1648985/1‑49 AACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAG > 1:3517359/1‑50 AACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAG > 1:4105498/1‑50 ACACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAG < 1:4356659/49‑1 CACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTT > 1:2909164/1‑50 CACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTT < 2:1761092/50‑1 ACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTT > 2:462369/1‑50 ACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTT < 2:1929782/50‑1 ACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTT > 1:981857/1‑50 ACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTT > 2:4476754/1‑50 ACAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTT < 2:3328958/50‑1 CAGCAAACGCTATTACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTG < 1:2766613/50‑1 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2:4160567/1‑49 TACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT > 1:1098805/1‑49 ACGTCACACCTAGTTTATGCTAACTGTCAATAACACAGCAAACGCTATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1388840‑1388888‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tACAGGGTCTCCTTACAACAACTGTCAACGCAGTTTGTAATTAAAAGAT > NC_000913/1398623‑1398670 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |