| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 130 [1] | [0] 132 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 1 (0.010) | 128 (1.100) | 66/98 | 0.0 | 99.6% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997063‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 1:934355/1‑50TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT > 2:1577785/1‑50 ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT < 2:26292/49‑1 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTC < 1:829294/50‑1 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:3535989/49‑1 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:4529140/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG > 1:1323856/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 2:3750645/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:4372841/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAAGCTGCTCGGTTCC < 2:1780780/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:4410894/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGCGGGTGCTTGGTTCCGCAAC > 1:3539023/1‑50 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 2:3958570/50‑1 CAGAAACATCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGATGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 2:2406159/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG < 1:1705075/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG < 2:2713095/50‑1 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTT < 1:671646/50‑1 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTT > 2:2031739/1‑50 CTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGGGAGGCTGCTCGGCTCCGTAACGTTTAT > 2:4061206/1‑50 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTtt > 2:3905392/1‑47 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 2:1658302/1‑49 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:738027/1‑49 TTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCGGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 2:4156226/1‑49 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGGTGGTCCGTTCCGTAACGTTTATCAT > 2:3183239/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATC < 1:618393/48‑1 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG > 1:2637770/1‑50 CGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGGTGCTCGGTTCCGTAAAGTTTATCATtt > 2:3026783/1‑48 CGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGT > 2:1582144/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATGGTGTT < 2:3543499/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:4123338/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:3380667/49‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:3432802/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 2:2312011/48‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 2:1186712/48‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 1:3428210/48‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGT > 2:2056186/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:2527837/1‑49 GAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAAAGTTTTTCATGT > 2:4310266/1‑49 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:1433143/50‑1 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 2:3356666/50‑1 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:1373019/50‑1 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:2326398/50‑1 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 2:3682458/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 1:597683/1‑50 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 1:1625941/1‑50 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:1181920/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 2:939898/1‑50 CTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTA < 1:339920/50‑1 TGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 2:3431654/1‑48 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAgg < 2:1256836/49‑3 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAag < 1:3253577/50‑3 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:224464/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 2:2879815/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 1:3826996/1‑49 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:3803464/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 2:3069764/49‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 2:1328151/50‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 2:1960417/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 1:1990660/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 2:3073827/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 1:1631674/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 2:3514171/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 2:53444/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:1331739/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:899068/1‑50 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:2672209/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:4240368/1‑50 GTGCGAGGCTGCTCGCTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAGTA < 2:3305302/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 2:3833721/50‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:3358749/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC < 1:4498929/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 2:187994/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 2:2740980/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:231503/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:238871/1‑49 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA < 1:1026292/50‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGA < 2:1091673/50‑1 AGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG > 2:2215366/1‑49 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA < 1:2887702/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:109030/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 2:1858766/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA > 2:1362524/1‑49 CTGCTCGGTTGCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAA < 2:3362992/50‑1 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAA < 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< 1:4482620/48‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 2:1801182/50‑1 TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997063‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |