| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 187 [0] | [0] 188 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 181 (1.580) | 79/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT < 2:2129153/49‑1 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:3363301/1‑50 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 2:4463814/1‑50 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 2:276370/1‑50 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:2065075/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT > 1:4209413/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 2:2907999/49‑1 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:953116/49‑1 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:4283289/49‑1 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 2:3733577/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:1050702/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCAC < 2:2659275/50‑1 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:682343/1‑49 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:2199651/1‑49 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 2:913599/1‑50 ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA > 1:2633144/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 2:3217844/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 2:1086562/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:333573/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:1507066/49‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:154002/49‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:30729/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:3731491/1‑50 AAATAGCTTATCCATGATTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 2:3330045/1‑50 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA < 2:2252861/50‑1 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:1168897/1‑50 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 2:3127896/1‑50 AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 2:4205311/1‑49 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:3165352/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 2:4526599/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT > 1:1349854/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 2:2202155/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:3864954/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 2:4326980/1‑50 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:1751484/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:3471362/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:2979520/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 2:2689080/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 2:3856134/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 2:3168560/49‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:2945726/50‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT < 1:1501456/50‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 2:3578979/49‑1 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 1:2832471/1‑49 CCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT > 2:2846937/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCTATATTTCTT < 2:1877023/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT < 2:1206888/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 2:1464691/1‑49 ATGTTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTACACATGCGATATTTCTTA > 2:828210/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 2:3925025/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA < 2:768173/50‑1 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 2:4351436/1‑49 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 2:3597814/1‑50 TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA < 1:4030990/50‑1 GCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA > 2:3074429/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 2:102164/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:1284149/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 1:1131097/49‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 2:2405275/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT < 2:808968/49‑1 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTACACATGCGCTATTTCTTAAATAA > 2:3493486/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 2:1313508/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 2:1159193/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:4264056/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 2:4168045/48‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 2:2182602/1‑50 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:1456895/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 2:1170127/49‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 2:3675720/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 2:2377402/1‑50 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:4338463/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT < 1:23363/50‑1 TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT < 1:2036000/49‑1 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTACATAATGTTT > 2:850148/1‑49 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 2:3432121/1‑49 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 2:678578/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA < 1:1047364/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA > 2:206665/1‑50 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 2:2932340/49‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 2:2076988/49‑1 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:2531622/1‑50 TACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 2:1879160/1‑49 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:2362950/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 1:3222533/49‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATT < 2:4533826/49‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 2:1656912/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 2:4361358/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATT < 1:266330/50‑1 GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT > 1:3817074/1‑49 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 2:2566238/50‑1 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 2:1383870/1‑49 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 2:2240134/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:3025635/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 2:3008463/49‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC < 1:3031661/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:4174076/50‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:79650/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 1:4492252/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:1629308/49‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 2:2015164/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |