| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 32.4% | 121.1 / 64.7 | 68 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/24); new base A (7/15); total (29/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTA > NC_000913/3829186‑3829281 | tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtg < 2:2177509/50‑1 (MQ=255)tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtg < 2:1034151/50‑1 (MQ=255)tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 2:4442035/50‑1 (MQ=255) ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgt > 2:39424/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt < 2:1400722/50‑1 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt < 1:3734346/50‑1 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttg < 2:3392917/50‑1 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttg > 1:3162221/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttg > 1:2264979/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 1:1239149/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtta < 2:891809/50‑2 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt < 2:141894/50‑1 (MQ=255) tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTc < 1:1484323/50‑1 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTc > 1:4236675/1‑49 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTc > 2:3314472/1‑49 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 2:853068/50‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 2:3958891/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAt < 2:156194/50‑1 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAt < 1:2601855/50‑1 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAt > 2:1196179/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAt > 1:780465/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt > 2:2910280/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTAtt < 1:3483629/50‑1 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTc < 2:2721907/49‑1 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAgg < 1:4126395/49‑1 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAgg < 1:2083669/49‑1 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:2863092/49‑1 (MQ=255) aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGc < 1:1278824/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCAc > 2:1226845/1‑49 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:2949913/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:421565/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:1986964/49‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 2:974538/49‑1 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 2:843780/50‑1 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt > 1:1972450/1‑50 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:2018685/50‑1 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:2282593/50‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 2:3757381/50‑1 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:2838701/1‑49 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:1243807/50‑1 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:3341529/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:4323409/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:2305432/1‑50 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa < 2:3964197/48‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 1:1316408/49‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:1735536/50‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 1:2258598/50‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 1:2656237/50‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 1:866591/50‑1 (MQ=255) ccGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt > 1:2204183/1‑50 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 2:4284313/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 2:1697007/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 1:36714/50‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:3583385/1‑50 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 2:3182736/1‑50 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:1409625/1‑50 (MQ=255) ttGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc < 2:1692280/50‑1 (MQ=255) tGGCTCCGCGCTGTTGACTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:839160/1‑50 (MQ=255) gCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg > 1:3457001/1‑50 (MQ=255) gCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 1:2690322/50‑1 (MQ=255) tCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:3449034/1‑50 (MQ=255) ccGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt > 2:711037/1‑49 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 2:1559310/49‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 2:2556286/49‑1 (MQ=255) cGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 2:4150368/1‑50 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTg < 2:1344464/49‑1 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGa > 1:225361/1‑50 (MQ=255) gggCTCTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTCTGTTGCCCCGCTGAt > 2:4458081/1‑50 (MQ=255) gctgctGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTa > 1:2693690/1‑50 (MQ=255) | TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTA > NC_000913/3829186‑3829281 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |