| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 687,860 | Δ1,185 bp | IS5‑mediated | insH‑3 | insH‑3 |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 687860 | 689044 | 1185 | 173 [0] | [0] 176 | insH‑3 | insH‑3 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 687859 | 0 (0.000) | 162 (1.090) | 74/96 | 0.0 | 100% | noncoding (1187/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 689045 = | 0 (0.000) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/687810‑687859‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATTGCTGTTTTATT > NC_000913/689045‑689093 TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC < 2:5538114/50‑1TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 1:2316261/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC > 2:4029455/1‑50TTATCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGC < 2:3509121/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:2801317/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:5175364/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:765212/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTT < 2:2750775/50‑1 TCGTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCT < 2:238953/49‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 2:2676877/50‑1 GTCTGCAACTTTATTGTGCAGTGTTGTGCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAG < 2:1210483/50‑1 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1:1848996/1‑49 GCCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:1607843/1‑48 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAG < 2:1526670/50‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 1:1095867/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAA < 1:2966053/49‑1 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 1:4951848/1‑47 CCTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTA > 2:2094247/1‑47 CTGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA < 2:2563868/50‑1 TGTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGA > 1:2027677/1‑49 GTTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA > 2:1678348/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT > 2:3670233/1‑50 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATAT < 2:4926058/50‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:4869034/49‑1 TTAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATA < 1:3967375/49‑1 TAGGGAAGGTGCCTTAGGTAACATTTAGTTTGGCTAAATGTAAAGATATT > 2:3028709/1‑50 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |