| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 98 [2] | [0] 93 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 2 (0.010) | 93 (0.610) | 61/98 | 0.1 | 98.9% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997063‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGT > 1:4429946/1‑50 ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGGGAGGGTGCTCGGTT > 2:5125863/1‑50 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:3944847/49‑1 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 2:2037079/49‑1 TGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTTGGTTCC > 2:4528881/1‑50 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGTTCCG > 2:843532/1‑49 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 2:2199380/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:3840323/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC > 2:2138282/1‑50 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG < 1:1585070/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG > 2:4554947/1‑50 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACG < 1:1954335/50‑1 AGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTTCGTAACG > 2:1895077/1‑50 GAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGT < 1:3004131/50‑1 AAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGGTGCTCGGTTTCGGAACGTT > 2:2098068/1‑50 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTT < 2:4442037/50‑1 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTT < 2:4155338/50‑1 AACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCCAGGCTGCTCGGTTTCGGAACGTT > 1:2695777/1‑49 ACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCCCGGGTCCCGAACGTTTA > 1:3273424/1‑50 CTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCTGCTCGGTTCCGGAACGTTTAT > 2:5781030/1‑50 CTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:45588/1‑50 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 1:2324398/1‑49 TTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCCTAACGTTTtt > 2:1933975/1‑47 TTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTAT > 2:1975644/1‑49 CTCGAGGAACTGGCGGGTGGGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT > 2:5835672/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT > 1:4229038/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT > 2:3755251/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCA < 1:601291/49‑1 CTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGCAACGGTTATCAT > 1:3003606/1‑50 CTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGGAACGTTTATCAT > 1:3119600/1‑50 TCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG > 1:3025930/1‑50 CGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:472158/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTTCGTAACGTTTTTCATGT > 2:4250617/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 2:511355/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT > 2:2726091/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATG < 2:189375/48‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAAGTTTATCATGT > 1:115962/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAAGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT > 2:1648258/1‑50 GAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTTCGTAACGTTTATTATGT > 2:1063771/1‑49 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 2:2825379/50‑1 AGGAACTGGCGGGGGCGAGGGTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA > 2:2426451/1‑50 AGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA > 2:4562812/1‑50 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 2:332811/50‑1 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 2:1061071/50‑1 GAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGGTCCCTAACGTTTATCATGTTATC > 2:4415580/1‑50 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 2:5223636/1‑50 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 2:1650799/50‑1 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:1467803/50‑1 TGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT > 1:1899577/1‑48 GGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG > 2:3947786/1‑50 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 2:3339789/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAA < 2:1121051/48‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA > 1:5573694/1‑50 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 2:4201812/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 2:1753752/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 1:356368/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:3807650/1‑50 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 2:651314/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:4390763/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 2:5384758/1‑49 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:27049/1‑49 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:4652721/1‑49 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:3412872/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 2:319661/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 2:5278891/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:215325/50‑1 GCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC > 1:2749630/1‑50 tGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATTATGTTATCCTAATGTCTATCC > 1:5421525/2‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 2:4799672/49‑1 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC < 2:969546/49‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 2:941187/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:3318421/1‑49 GGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA < 1:2660291/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA < 1:2657329/50‑1 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA > 2:2002985/1‑49 GCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAA > 1:4313942/1‑49 CTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAA > 1:3332820/1‑49 GCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA > 1:5389152/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATA < 1:4136213/50‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT > 1:2107481/1‑49 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAAT < 2:5662604/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:5664841/48‑1 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 2:4282319/1‑50 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:4080562/1‑50 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 2:4938299/1‑50 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:5465000/1‑50 TCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 2:1475696/1‑50 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 2:5002344/1‑49 aGTTCCGTAACGTATATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAAT < 2:4790366/48‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 2:368774/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAAT < 1:5140663/49‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAAT < 1:2217916/49‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:1882458/50‑1 TATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997063‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |