| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,907,399 | C→T | E13K (GAG→AAG) | cspC ← | stress protein, member of the CspA family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,907,399 | 0 | C | T | 84.1% | 594.1 / 94.8 | 214 | E13K (GAG→AAG) | cspC | stress protein, member of the CspA family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/16); new base T (86/94); total (104/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
CATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATTCC > NC_000913/1907351‑1907447 | aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt < 2:5718543/50‑1 (MQ=255) aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt > 2:3491803/1‑50 (MQ=255) aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGt < 1:526153/50‑1 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg > 1:4680830/1‑49 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg > 2:3413513/1‑49 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt < 2:4567089/46‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGaa < 2:389273/49‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc > 2:756393/1‑50 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc > 1:4866345/1‑50 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc > 2:3035425/1‑50 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGAAc > 1:2919723/1‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |