| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,406,141 | A→G | R167R (CGT→CGC) | lrhA ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,406,141 | 0 | A | G | 94.7% | 600.6 / 17.1 | 169 | R167R (CGT→CGC) | lrhA | DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/3); new base G (108/52); total (114/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA > NC_000913/2406093‑2406187 | ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:4553460/1‑50 (MQ=255) tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 2:4776809/1‑49 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTgcgc < 2:2747042/49‑1 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:1069618/1‑48 (MQ=255) ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg > 1:94647/1‑48 (MQ=255) tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg > 2:3809842/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg < 2:3982015/49‑1 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg < 2:2232961/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 2:3213934/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg < 2:4630158/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 2:3797737/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt > 2:5165154/1‑50 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt < 1:4296852/50‑1 (MQ=255) aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt < 1:3449221/50‑1 (MQ=255) atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt > 1:5000659/1‑49 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa < 2:5364278/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa < 2:2499761/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa < 1:4051463/50‑1 (MQ=255) tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGCGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc > 1:3017815/1‑49 (MQ=39) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 1:5283538/1‑50 (MQ=255) atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa > 2:3454832/1‑50 (MQ=255) tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAAt < 1:5079962/50‑1 (MQ=255) gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg > 1:1771043/1‑50 (MQ=255) gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg > 1:3637745/1‑50 (MQ=255) 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cGCTGCGCAGGACCTGTGTGTAGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa > 2:5053615/1‑49 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 1:262553/1‑50 (MQ=255) gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa > 2:2101570/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 2:2656288/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 2:5007728/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc > 2:4963246/1‑50 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 1:2117836/50‑1 (MQ=255) cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc < 1:3776649/50‑1 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 2:147528/1‑50 (MQ=255) tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGGGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg > 2:267736/1‑50 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc < 2:4862702/49‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc < 1:4626834/49‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:1652053/1‑50 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt < 1:3141812/50‑1 (MQ=255) cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 2:4207104/1‑50 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:2971643/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 2:4452850/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 1:4300407/1‑49 (MQ=255) gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt > 2:4816155/1‑49 (MQ=255) cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:1501901/1‑49 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg > 1:1555960/1‑48 (MQ=255) aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa < 1:4956799/50‑1 (MQ=255) aGTACCAGGGTGTTGGCGAGGGGGGCCGGTTCAATGCCTTAAAAGCTg > 2:2736395/1‑48 (MQ=19) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 1:780240/1‑50 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg < 2:1443217/50‑1 (MQ=255) gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg > 2:2863565/1‑50 (MQ=255) 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gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt < 2:1253645/50‑1 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:5446202/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:5788921/1‑50 (MQ=255) tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg > 1:3797803/1‑50 (MQ=255) gtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg > 1:1068908/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 1:686599/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg > 1:370376/1‑50 (MQ=255) tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg < 2:1873584/49‑1 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAACCGCTGAAGGACGATGggt > 1:2148884/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgggg > 2:1143678/1‑49 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 2:4181040/1‑50 (MQ=255) gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt > 2:1144951/1‑50 (MQ=255) ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 1:5006302/1‑50 (MQ=255) gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt > 1:1389544/1‑49 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa > 2:792537/1‑50 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa > 1:1264799/1‑50 (MQ=255) cGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa > 1:3007002/1‑50 (MQ=255) cGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTa > 1:4172092/1‑50 (MQ=255) gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:4362045/1‑50 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc < 2:1026923/50‑1 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 1:4571193/1‑49 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 2:3481091/1‑49 (MQ=255) aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc > 2:2411509/1‑49 (MQ=255) ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa > 1:4696220/1‑50 (MQ=255) | TTTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA > NC_000913/2406093‑2406187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |