| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,829,233 | C→A | L97M (CTG→ATG) | xanP → | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 92.0% | 367.9 / 22.1 | 114 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base A (41/63); total (45/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279 | tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 2:4441726/50‑1 (MQ=255)tgGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 2:5129295/1‑50 (MQ=255) ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 1:3520411/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt < 1:1416247/50‑1 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt > 2:1758342/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgtt < 1:4281021/50‑1 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt < 1:4024257/49‑1 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg > 2:2610834/1‑50 (MQ=255) cATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttg < 1:5371969/50‑1 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:192154/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:4977893/1‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |