| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,850,891 | G→A | Q68* (CAA→TAA) | ilvN ← | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,850,891 | 0 | G | A | 94.7% | 691.8 / 20.8 | 190 | Q68* (CAA→TAA) | ilvN | acetohydroxy acid synthase I subunit IlvN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/4); new base A (104/76); total (110/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
CGGACTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGCCAGA > NC_000913/3850843‑3850938 | cggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTgg > 1:4888826/1‑50 (MQ=255) ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:60643/1‑50 (MQ=255) ggaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGc > 2:3673494/1‑50 (MQ=255) gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:5582540/1‑50 (MQ=255) gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:5351652/1‑50 (MQ=255) gaCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:3995678/1‑50 (MQ=255) aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCtt < 1:4667201/50‑1 (MQ=255) aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 1:1255697/1‑49 (MQ=255) aCTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCt > 2:275194/1‑49 (MQ=255) cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa < 2:168762/50‑1 (MQ=255) cTGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTa > 2:456456/1‑50 (MQ=255) tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:860747/1‑50 (MQ=255) tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 1:2240702/1‑50 (MQ=255) tGATTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTat > 2:1396744/1‑50 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTGGCTTat < 1:5361847/48‑1 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatca > 2:5466771/1‑50 (MQ=255) aTTACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatc < 1:5016476/49‑1 (MQ=255) ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat > 2:5314007/1‑50 (MQ=255) ttACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcat < 2:1564853/50‑1 (MQ=255) tACGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTatcatc > 2:3130110/1‑50 (MQ=255) aCGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt > 1:2913067/1‑50 (MQ=255) cGCTGCACTTTTACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCt < 1:1834126/49‑1 (MQ=38) cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 1:3851003/1‑50 (MQ=255) cGCTGCACTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTg > 2:4574920/1‑50 (MQ=255) 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cTTTCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGa > 1:3903170/1‑50 (MQ=255) tttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGAc > 1:4851037/1‑50 (MQ=255) ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 1:5110480/1‑50 (MQ=255) ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:2240854/1‑50 (MQ=255) ttCACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACg > 2:4982663/1‑50 (MQ=255) cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGc < 1:1713264/49‑1 (MQ=255) cACGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt > 2:2705000/1‑50 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 1:4606852/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 1:1072235/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 2:4138827/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCt < 2:3933772/49‑1 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg > 1:1016427/1‑50 (MQ=255) aCGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTg < 1:2539477/50‑1 (MQ=255) cGACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTgg < 1:423668/50‑1 (MQ=255) gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 2:524161/1‑50 (MQ=255) gACATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgt > 2:5354568/1‑50 (MQ=255) aCATCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtc < 2:2944009/50‑1 (MQ=255) aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:5818701/1‑50 (MQ=255) aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:2575359/1‑50 (MQ=255) aTCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 1:1186075/1‑50 (MQ=255) tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:3527880/1‑49 (MQ=255) tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:1100421/1‑49 (MQ=255) tCTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGgtcgt > 2:5656866/1‑49 (MQ=255) cTTCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCa > 2:5063510/1‑50 (MQ=255) ttCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAt > 1:2986021/1‑50 (MQ=255) tCCAGCTTATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCAtt > 1:2132741/1‑50 (MQ=255) 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ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:4727374/1‑50 (MQ=255) ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:1511669/1‑50 (MQ=255) ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:1944039/1‑50 (MQ=255) ttATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:986482/1‑50 (MQ=255) tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 2:4253209/1‑49 (MQ=255) tATCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAg > 1:2770649/1‑49 (MQ=255) aTCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGt < 2:250575/49‑1 (MQ=255) tCGATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAg < 1:746547/50‑1 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 2:3447081/50‑1 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGcc < 1:5198910/50‑1 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 2:4595933/1‑49 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:1936452/1‑49 (MQ=255) gATTTAGCTTATCATCTGCTCCAGACGCTGGTCGTCATTGACCAGTAGc > 1:3766018/1‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |