| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 2,101,397 | Δ36,321 bp | [wbbL]–wza | 34 genes [wbbL], insH‑7, wbbL, wbbK, wbbJ, wbbI, wbbH, glf, rfbX, rfbC, rfbA, rfbD, rfbB, galF, wcaM, wcaL, wcaK, wzxC, wcaJ, cpsG, cpsB, wcaI, gmm, fcl, gmd, wcaF, wcaE, wcaD, wcaC, wcaB, wcaA, wzc, wzb, wza |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 2101397 | 2137717 | 36321 | 137 [0] | [0] 138 | [wbbL]–wza | [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2101396 | 0 (0.000) | 133 (1.440) | 76/96 | 0.0 | 100% | pseudogene (349/349 nt) | wbbL | interrupted rhamnosyltransferase WbbL |
| ? | NC_000913 | 2137718 = | 0 (0.000) | intergenic (‑475/‑184) | wza/yegH | outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG > 1:6760196/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGT > 1:5677648/1‑50 TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG < 1:3879384/49‑1 TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC > 1:264687/1‑50 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC < 1:3468070/49‑1 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:3588659/1‑50 AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC > 1:2939797/1‑50 AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC < 1:6653149/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:2542443/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA < 1:2879844/50‑1 GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:831143/1‑50 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:6116302/1‑49 TATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA > 1:1740863/1‑49 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT > 1:2060626/1‑50 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT < 1:4038721/50‑1 TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA < 1:6412857/49‑1 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:1724301/1‑50 AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG > 1:3745815/1‑50 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:4668130/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC < 1:6832307/50‑1 AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC > 1:1121837/1‑50 TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA > 1:4906658/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTGCGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:6642270/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:2821664/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:4496445/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:5700777/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA < 1:3113272/50‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATA > 1:2214445/1‑50 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:5489574/49‑1 GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT < 1:6830763/49‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:934461/50‑1 CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT < 1:6310055/50‑1 TTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT > 1:823392/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:4855717/1‑50 TATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT > 1:1338398/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC > 1:563081/1‑50 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:6629262/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT < 1:6905430/49‑1 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT < 1:1359822/48‑1 TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC < 1:3397794/49‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA < 1:3312765/50‑1 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:6370571/1‑49 CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:4185966/1‑49 CATGCCTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT > 1:3228823/1‑49 ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTA > 1:6980602/1‑49 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATA < 1:6666383/50‑1 CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT > 1:5992690/1‑49 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:4377011/1‑50 TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA > 1:3617399/1‑50 TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT > 1:355677/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:3753364/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG > 1:655678/1‑50 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT < 1:5816880/49‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:2419725/48‑1 ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA < 1:5517535/48‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 1:229897/1‑50 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:4593735/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT < 1:6945407/50‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT > 1:7108383/1‑50 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:3112939/49‑1 TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG < 1:1013893/49‑1 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:2957625/1‑50 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:7109499/1‑50 ATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT > 1:5659679/1‑50 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:2663619/1‑49 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:3288410/1‑49 GCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT > 1:3185836/1‑49 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA < 1:4236772/50‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:5746358/49‑1 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTT < 1:5609522/49‑1 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:4126768/1‑50 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:219336/1‑50 TTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT > 1:128000/1‑50 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:3736541/48‑1 ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:6080435/48‑1 ACGGCTTAATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT < 1:1132716/48‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT < 1:4823900/50‑1 CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA < 1:723147/49‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:5330733/50‑1 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA > 1:923933/1‑50 GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA < 1:5740445/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC < 1:417553/50‑1 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:1700868/1‑50 CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:5497870/1‑50 TTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC > 1:3032197/1‑49 TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA > 1:4322201/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC > 1:2855397/1‑50 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA < 1:3216217/49‑1 TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACC < 1:3184563/48‑1 ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT > 1:434313/1‑50 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAat < 1:3823526/49‑3 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACgt < 1:5225638/50‑3 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT < 1:4142135/50‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:181026/49‑1 TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACT < 1:2051837/49‑1 ATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:3257426/1‑50 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT < 1:4984354/50‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT > 1:2986202/1‑49 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:3484761/49‑1 TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT < 1:501520/49‑1 ATTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2101348‑2101396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTTT > NC_000913/2137718‑2137766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |