BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	490.5 / NA	117	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (57/60); total (57/60)

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

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  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  1:703528/50‑1 (MQ=255)

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      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:4713532/1‑50 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:4437435/1‑50 (MQ=255)

      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:2990398/1‑50 (MQ=255)

       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:1026496/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:787749/1‑50 (MQ=255)

        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  1:780243/49‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:2279131/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:1935954/50‑1 (MQ=255)

         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      <  1:4455796/49‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:5251886/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:3475454/50‑1 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:3700108/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:6396284/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:4271189/1‑50 (MQ=255)

          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  1:4791962/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:1162730/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:1799205/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:6083649/50‑1 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   >  1:106260/1‑50 (MQ=255)

           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:2962579/50‑1 (MQ=255)

            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:1897788/1‑50 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:5981637/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:4922118/1‑49 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:3496144/49‑1 (MQ=255)

             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  1:3288579/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:4218297/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:3476001/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1489345/1‑50 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:6910163/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:938073/50‑1 (MQ=255)

              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:71517/50‑1 (MQ=255)

               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  1:1712210/1‑49 (MQ=255)

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                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATtcattcat                               >  1:5055480/1‑49 (MQ=255)

                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  1:413738/48‑1 (MQ=255)

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                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:2832613/49‑1 (MQ=255)

                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             <  1:4011427/49‑1 (MQ=255)

                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATATACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:1568770/1‑49 (MQ=255)

                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:945964/1‑49 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:776398/49‑1 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  1:6381627/1‑49 (MQ=255)

                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           <  1:5088901/49‑1 (MQ=255)

                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  1:2918392/1‑50 (MQ=255)

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                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:6328950/47‑1 (MQ=255)

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                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  1:1744759/47‑1 (MQ=255)

                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    >  1:3945142/1‑50 (MQ=255)

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                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  1:4249417/50‑1 (MQ=255)

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                             ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:1226547/1‑49 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  1:4722355/49‑1 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttttt                 <  1:1247646/49‑1 (MQ=255)

                              tGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                >  1:2130811/1‑50 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:4637026/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:4129189/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:6745755/49‑1 (MQ=255)

                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:471590/1‑50 (MQ=255)

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                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:1056029/1‑49 (MQ=255)

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                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:4399728/1‑49 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:212228/1‑48 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:5625504/49‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  1:2547603/49‑1 (MQ=255)

                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  1:4253663/50‑1 (MQ=255)

                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:4226798/1‑50 (MQ=255)

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                                     gtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:961052/1‑50 (MQ=255)

                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGt         >  1:858030/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:6989979/1‑49 (MQ=255)

                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  1:3036049/1‑49 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      >  1:1274235/1‑50 (MQ=255)

                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  1:1256775/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      <  1:6459890/49‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  1:1652106/1‑50 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:983370/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:3164544/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:5995235/50‑1 (MQ=255)

                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:5925420/50‑1 (MQ=255)

                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:2923106/1‑50 (MQ=255)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTGCGACAGTTAATc    <  1:3094499/49‑1 (MQ=38)

                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  1:24991/49‑1 (MQ=255)

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 33 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 39 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`