| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 96.5% | 762.5 / 24.2 | 172 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/5); new base . (94/72); total (95/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:1353118/1‑50 (MQ=255) tataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 2:2483602/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:1998360/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 2:391557/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:1179799/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 2:2112947/50‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 2:622962/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:1240078/48‑1 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 2:67217/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta < 1:2090975/50‑2 (MQ=255) aTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 2:2607646/49‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 2:864296/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 2:3058149/1‑50 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 2:848253/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:419531/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:5370124/50‑1 (MQ=255) aaTGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 2:4474340/1‑49 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 2:700874/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 2:4784099/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:1484212/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 2:271502/1‑50 (MQ=255) tgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAt < 1:1719554/50‑1 (MQ=255) gatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAtt > 1:4736361/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt > 1:1449123/1‑50 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2:5058424/49‑1 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 2:2941693/1‑49 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt < 2:1654291/49‑1 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt < 2:3040501/49‑1 (MQ=39) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTc < 1:1043506/50‑1 (MQ=255) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGCTTTCGCATCTCGTGTAGAGTCa > 1:4094098/1‑50 (MQ=255) ttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa > 1:2895665/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 2:160420/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 2:3385327/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 2:1536379/1‑50 (MQ=255) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt > 2:226240/1‑50 (MQ=255) atatC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCAt < 2:1050317/49‑1 (MQ=39) | CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATC > NC_000913/3801024‑3801117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |