| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,653,007 | T→C | P303P (CCA→CCG) | rspB ← | putative zinc‑binding dehydrogenase RspB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,653,007 | 0 | T | C | 79.9% | 453.9 / 108.8 | 189 | P303P (CCA→CCG) | rspB | putative zinc‑binding dehydrogenase RspB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/25); new base C (64/87); total (77/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.44e-03 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAATTTAT > NC_000913/1652959‑1653056 | ggCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTg > 1:806399/1‑50 (MQ=255) gCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCgg < 1:3666906/50‑1 (MQ=255) cATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGt < 1:2501293/50‑1 (MQ=255) cATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGt > 1:5162047/1‑50 (MQ=255) aTCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGtt > 2:1990482/1‑50 (MQ=255) tCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGttt < 1:1678373/50‑1 (MQ=255) tCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGttt < 2:4542977/50‑1 (MQ=255) tCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGtt > 2:377561/1‑49 (MQ=255) cAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGttt > 2:5301094/1‑49 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTttaa < 2:4792842/50‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa > 1:4484471/1‑50 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa < 1:5355616/50‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa < 1:4030805/50‑1 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaa > 2:5422084/1‑50 (MQ=255) aGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTtta < 2:2786803/49‑1 (MQ=255) gCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaat > 1:3913692/1‑50 (MQ=255) cAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaat > 1:861320/1‑49 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTttaatta < 2:1581368/50‑1 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTttaatt > 1:1464363/1‑49 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaatta < 1:4793914/50‑1 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaatta < 2:883558/50‑1 (MQ=255) aaCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaatt > 1:1083585/1‑49 (MQ=255) aCATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTttaattaa < 2:5063046/50‑1 (MQ=255) cATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAc < 2:1837067/50‑1 (MQ=255) aTGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAcc > 1:1823088/1‑50 (MQ=255) aTGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAAcc < 2:3961582/50‑1 (MQ=255) gCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCt > 1:563511/1‑50 (MQ=255) cTGGAACTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCt < 1:513180/49‑1 (MQ=39) cTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCtt < 2:3535684/50‑1 (MQ=255) cTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCtt > 2:3865837/1‑50 (MQ=255) ggAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTa > 1:1709399/1‑50 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCttt < 1:3058599/48‑1 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCttt < 2:402748/48‑1 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTa < 2:556072/49‑1 (MQ=255) gAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTa < 1:4750447/49‑1 (MQ=255) aaaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt < 1:3127138/50‑1 (MQ=255) aaaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt < 1:2549842/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACtt < 2:1367173/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACt > 2:1812018/1‑49 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACtt < 2:1727591/50‑1 (MQ=255) aaTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACt > 1:46132/1‑49 (MQ=255) aTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACtt > 1:2372755/1‑49 (MQ=255) aTCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTa < 2:2754954/50‑1 (MQ=255) tCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTaa > 1:5078329/1‑50 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 2:4140360/1‑49 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAcc < 2:2692424/50‑1 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAcc < 1:3335490/50‑1 (MQ=255) aaaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAAc > 1:526658/1‑49 (MQ=255) aaCGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCa < 1:3502963/50‑1 (MQ=255) aCGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAg < 2:1177119/50‑1 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 1:3885413/50‑1 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 2:1806709/50‑1 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 2:3749302/50‑1 (MQ=255) cGTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGt < 1:269097/50‑1 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc < 2:1244607/50‑1 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc < 2:724702/50‑1 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc > 2:287095/1‑50 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc > 1:706198/1‑50 (MQ=255) gTATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc > 1:4889634/1‑50 (MQ=255) tATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTc > 1:2024510/1‑49 (MQ=255) tATGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCg < 2:3210603/50‑1 (MQ=255) tGGGTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGAt < 1:617058/50‑1 (MQ=255) gggTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGAt > 2:2100813/1‑49 (MQ=255) gggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGAt > 1:2605490/1‑49 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATa < 2:2621432/49‑1 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATaa < 2:5629256/50‑1 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATa < 1:1375948/49‑1 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATa < 1:3283379/49‑1 (MQ=255) ggTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATa < 1:5563005/49‑1 (MQ=255) gTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAAc < 2:2421706/50‑1 (MQ=255) gTAATTAATTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAAc > 1:1582267/1‑50 (MQ=255) taattaatTTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAAc > 1:5211315/1‑49 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGa < 2:3911885/49‑1 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt < 1:3273393/50‑1 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt < 1:3604455/50‑1 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt > 1:1151024/1‑50 (MQ=255) attaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGAt > 1:1496585/1‑50 (MQ=255) ttaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATc < 1:3971927/50‑1 (MQ=255) ttaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATc < 2:3060551/50‑1 (MQ=255) ttaattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATc < 2:3231302/50‑1 (MQ=255) taattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCg > 1:2952411/1‑50 (MQ=255) taattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCg > 1:4518882/1‑50 (MQ=255) taattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCg > 1:5685009/1‑50 (MQ=255) aattTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg > 1:1075961/1‑50 (MQ=255) aattTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg > 1:4412964/1‑50 (MQ=255) attTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg > 2:3352129/1‑49 (MQ=255) attTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg < 1:4722476/49‑1 (MQ=255) attTTTCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCgg < 2:4178927/49‑1 (MQ=255) tttttCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGa < 2:1864991/50‑1 (MQ=255) tttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg > 2:4862601/1‑49 (MQ=255) tttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCggg > 2:5477886/1‑49 (MQ=255) ttttCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGaa > 2:2268801/1‑50 (MQ=255) ttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGCTCGGGaa > 1:643065/1‑50 (MQ=255) ttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGaa > 1:2096006/1‑50 (MQ=255) ttttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGaa > 1:985955/1‑50 (MQ=255) ttCCGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAat < 1:2226362/49‑1 (MQ=255) cTGGTTTAATTAGCCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAattt < 1:4977122/49‑1 (MQ=255) cTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAattta > 2:3030071/1‑50 (MQ=255) tGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAatttat > 2:3237025/1‑50 (MQ=255) tGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAatttat > 1:1239206/1‑50 (MQ=255) | GGCATCAGCAACATGCTGGAAATCAAACGTATGGGTAATTAATTTTTCTGGTTTAATTAACCCTTTACTTAACCAGTCGATAACGATCGGGAATTTAT > NC_000913/1652959‑1653056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |