| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,907,399 | C→T | E13K (GAG→AAG) | cspC ← | stress protein, member of the CspA family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,907,399 | 0 | C | T | 97.5% | 618.3 / 3.3 | 160 | E13K (GAG→AAG) | cspC | stress protein, member of the CspA family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base T (82/74); total (85/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
ATCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTCGTTGAACCACTTAACCTGACCTTTAATCTTTGCCATTTGAAAAATT > NC_000913/1907352‑1907445 | aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt < 1:5209960/50‑1 (MQ=255)aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt < 1:4170583/50‑1 (MQ=255)aTCTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGt < 1:3421949/50‑1 (MQ=255) cTTTGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt > 2:5038494/1‑49 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg > 2:4949528/1‑49 (MQ=255) tttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg > 2:2262656/1‑49 (MQ=255) ttGCTGCCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGaa > 1:198452/1‑50 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACttgttg < 2:3096324/47‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGtt < 2:1614450/46‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGa < 2:5329250/48‑1 (MQ=255) tgctgcCATCAGCCGGAGTAATGAAGCCAAAACCTTTAGACTTGTTGa < 1:2704388/48‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |