Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 2,406,141 A→G R167R (CGT→CGC)  lrhA ← DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009132,406,1410AG100.0% 547.4 / NA 139R167R (CGT→CGC) lrhADNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (87/52);  total (87/52)

Only 100 of 139 total aligned reads displayed.

TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406094‑2406187
                                               |                                              
ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  2:5700572/1‑50 (MQ=255)
ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:1457781/1‑50 (MQ=255)
ttttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:3258397/1‑50 (MQ=255)
 tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:4886110/1‑49 (MQ=255)
 tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              <  1:4895469/49‑1 (MQ=255)
 tttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:1960573/1‑49 (MQ=255)
  ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  2:2213925/1‑48 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa                                            <  2:2880805/49‑1 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           >  1:4340954/1‑50 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           >  1:5418256/1‑50 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           >  1:3211549/1‑50 (MQ=255)
   tGCAATATGTATTCCGATGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCa                                            <  2:4196527/49‑1 (MQ=39)
    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          >  2:1025431/1‑50 (MQ=255)
    gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           <  2:3758718/49‑1 (MQ=255)
     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          <  2:2690849/49‑1 (MQ=255)
     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         >  2:1319173/1‑50 (MQ=255)
     cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         >  1:1235792/1‑50 (MQ=255)
      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        <  1:2598662/50‑1 (MQ=255)
      aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        <  2:3698/50‑1 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  2:4028911/1‑49 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  2:5058754/1‑49 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:4395049/1‑49 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       <  1:972213/50‑1 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       <  2:5410327/50‑1 (MQ=255)
       atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       <  1:4628509/50‑1 (MQ=255)
        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       >  1:5098810/1‑49 (MQ=255)
        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                      <  2:2746795/50‑1 (MQ=255)
        tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                      <  1:592389/50‑1 (MQ=255)
          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                     <  2:1718950/49‑1 (MQ=255)
          tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                    >  2:337101/1‑50 (MQ=255)
           gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                   >  2:1402563/1‑50 (MQ=255)
            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                   <  1:1598561/49‑1 (MQ=255)
            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                  <  2:2113170/50‑1 (MQ=255)
            tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                  >  1:84096/1‑50 (MQ=255)
             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  1:2016690/1‑50 (MQ=255)
             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  2:5628585/1‑50 (MQ=255)
             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  1:3636018/1‑50 (MQ=255)
             aTTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 >  1:3411553/1‑50 (MQ=255)
              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGcc                                 <  1:4050001/49‑1 (MQ=255)
              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                <  1:1881063/50‑1 (MQ=255)
              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:1817003/1‑50 (MQ=255)
              ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:3497721/1‑50 (MQ=255)
                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                             <  1:689030/50‑1 (MQ=255)
                 cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                              <  2:4342463/49‑1 (MQ=255)
                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:263659/50‑1 (MQ=255)
                  gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  2:3949581/50‑1 (MQ=255)
                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           <  2:3290386/50‑1 (MQ=255)
                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           >  1:1028960/1‑50 (MQ=255)
                   cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           >  2:4935949/1‑50 (MQ=255)
                    tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                          >  2:4054289/1‑50 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc                         <  2:4463083/49‑1 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:1637883/1‑50 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:3158888/1‑50 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  2:2294702/50‑1 (MQ=255)
                      cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:3084954/50‑1 (MQ=255)
                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  2:1901601/1‑49 (MQ=255)
                       gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       <  2:2593885/50‑1 (MQ=255)
                        cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:444731/1‑49 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:1533942/1‑48 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  2:1657981/1‑48 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  2:3975917/1‑48 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                     <  2:4655776/50‑1 (MQ=255)
                         aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                     <  2:2585138/50‑1 (MQ=255)
                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  2:840940/1‑50 (MQ=255)
                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    <  1:4798350/50‑1 (MQ=255)
                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    <  2:2602709/50‑1 (MQ=255)
                          gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  1:3166718/1‑50 (MQ=255)
                          gTACCAGTGTGTCGGCTAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  2:4237297/1‑50 (MQ=255)
                           tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  1:4542570/1‑49 (MQ=255)
                            aCCAGTGTGTTGGCGTGGGGCGCAGGCTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                  >  2:5420841/1‑50 (MQ=255)
                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               >  2:4610855/1‑50 (MQ=255)
                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               >  2:4495165/1‑50 (MQ=255)
                               aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa               <  2:4440651/50‑1 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              <  2:391453/50‑1 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  2:391458/1‑50 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  1:3070783/1‑50 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              <  2:5454220/50‑1 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  1:3593812/1‑50 (MQ=255)
                                gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt              >  1:20468/1‑50 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg           >  2:144632/1‑50 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg           >  1:3176353/1‑50 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg           <  2:4064541/50‑1 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATggg           <  1:1521682/50‑1 (MQ=255)
                                   tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg            <  2:78418/49‑1 (MQ=255)
                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:3500036/1‑50 (MQ=255)
                                    gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:2911430/1‑50 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         <  1:4591163/50‑1 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         <  2:3059151/50‑1 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         <  2:3221606/50‑1 (MQ=255)
                                     ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  2:5064453/49‑1 (MQ=255)
                                      tGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtgg        >  2:4527741/1‑50 (MQ=255)
                                        gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt       >  1:4709993/1‑49 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:4295294/1‑50 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:3755945/1‑50 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  2:4279957/1‑50 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:5565940/1‑50 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    <  2:1850947/50‑1 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  2:3240312/1‑50 (MQ=255)
                                          gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  2:3103015/1‑50 (MQ=255)
                                            ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa  >  1:1254085/1‑50 (MQ=255)
                                               |                                              
TTTTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406094‑2406187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑