| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,829,233 | C→A | L97M (CTG→ATG) | xanP → | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,233 | 0 | C | A | 97.6% | 462.8 / NA | 124 | L97M (CTG→ATG) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base A (58/63); total (61/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279 | tgGCCTCGATTATTCCAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg > 2:3202418/1‑50 (MQ=255)tgGAATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtg < 1:4632350/50‑1 (MQ=255) ggCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgt > 2:511125/1‑50 (MQ=255) gCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgtt > 2:3735992/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCtgttgt > 2:2310057/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 2:715407/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 1:579607/1‑50 (MQ=255) aTCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGAtgttgt > 2:5494598/1‑50 (MQ=255) tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 2:2370626/50‑1 (MQ=255) tCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc < 2:176589/50‑1 (MQ=255) cGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTc > 1:4742871/1‑49 (MQ=255) ggttattCCAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 2:2488033/3‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCt < 2:5267476/49‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 2:1002990/50‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:2509381/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 1:2551963/1‑50 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa < 1:3683751/50‑1 (MQ=255) gATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTa > 2:3082587/1‑50 (MQ=255) attattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAt < 1:36447/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:4688790/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 1:3520668/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:295016/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:5399018/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2432481/1‑50 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:1604068/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt < 2:1872550/50‑1 (MQ=255) ttattCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTAtt > 2:2105355/1‑50 (MQ=255) attCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTc < 2:607372/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:1110334/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:2308575/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCa < 1:226506/49‑1 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg > 2:1624352/1‑50 (MQ=255) ttCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAg < 1:4957475/50‑1 (MQ=255) tCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg > 2:1424382/1‑50 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:4976578/49‑1 (MQ=255) cAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAgg < 2:230572/49‑1 (MQ=255) aaaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAggg < 2:3101862/49‑1 (MQ=255) aaTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTTTCTATTCAGGGCa > 1:2766000/1‑50 (MQ=255) aTTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc < 1:3327647/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:1438438/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 2:34829/50‑1 (MQ=255) ttAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAcc < 1:128673/50‑1 (MQ=255) tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:1548111/1‑48 (MQ=255) tAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCAc > 1:547852/1‑48 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:5026970/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:2334607/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 1:3957047/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:3419690/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCa < 2:4238513/49‑1 (MQ=255) aaGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg > 1:4384901/1‑50 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 2:858050/49‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAg < 1:2279557/49‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc < 1:5130112/50‑1 (MQ=255) aGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGc > 2:4120315/1‑50 (MQ=255) ggCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCt < 1:3152201/50‑1 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:4186447/1‑50 (MQ=255) gCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt < 1:2287371/50‑1 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 2:2959415/1‑49 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCtt > 1:1230997/1‑49 (MQ=255) ccTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTc < 1:2561700/50‑1 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:197101/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:907221/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 1:4343745/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa > 2:3278783/1‑50 (MQ=255) tGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGCGCACCAGCTTCaa > 2:5561768/1‑50 (MQ=38) ggggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc > 1:964621/1‑50 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCaa < 2:924622/48‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 2:1503815/49‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAAc < 2:2739326/49‑1 (MQ=255) gggTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACt > 1:2791160/1‑50 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:5551671/50‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:2557399/50‑1 (MQ=255) gTCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACttt < 2:4386815/50‑1 (MQ=255) tCCGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttg < 2:4695993/50‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgtt > 1:5456545/1‑50 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 1:2722820/49‑1 (MQ=255) cGGTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgt < 2:505517/49‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCCACTttgttg > 1:1458571/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg < 2:507355/50‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4195269/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:1285120/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:3985013/1‑50 (MQ=255) ggTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTttgttg > 1:4576901/1‑50 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc < 2:3765875/50‑1 (MQ=255) gTTGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGc > 1:837355/1‑50 (MQ=255) ttGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcc > 2:3811349/1‑50 (MQ=255) tGGCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc > 2:2776764/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:4494850/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 1:1336522/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGcccc > 2:4016225/1‑50 (MQ=255) ggCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGccc < 2:3771034/49‑1 (MQ=255) gCTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCg < 1:5498237/50‑1 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:5395104/1‑50 (MQ=255) cTCCGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGc > 1:305890/1‑50 (MQ=255) cGGGATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCt < 1:402708/48‑1 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:1949189/50‑1 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:4042691/1‑50 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 2:4070782/50‑1 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt < 1:4215951/50‑1 (MQ=255) gggATGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAt > 1:5171110/1‑50 (MQ=255) | TGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGAT > NC_000913/3829186‑3829279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |