| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,063,143 | T→C | A299A (GCT→GCC) | yihN → | putative transporter YihN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,063,143 | 0 | T | C | 77.3% | 344.3 / 107.8 | 163 | A299A (GCT→GCC) | yihN | putative transporter YihN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/15); new base C (65/61); total (87/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
TGAAATCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCTGCGCTCGTACTGTTGATTATGCTGCCGCACGAAAGTATGCCGGTCT > NC_000913/4063094‑4063189 | tGAAATCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCt > 1:3675659/1‑50 (MQ=255) aaaTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACcgccgc > 1:3588719/1‑50 (MQ=255) aaaTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACcgccgc > 2:3711402/1‑50 (MQ=255) aaaTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACcgccgc < 1:4669200/50‑1 (MQ=255) aaaTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACcgccgc > 2:212046/1‑50 (MQ=255) aaTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCcgcg < 2:3587104/50‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCCgcgc > 1:1684827/1‑50 (MQ=255) aTCGCCAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCCgcgc > 2:373155/1‑50 (MQ=255) ccAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCTGCGCTCGt < 2:122221/50‑1 (MQ=255) ccAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCCGCGCTCg > 1:4704132/1‑49 (MQ=255) ccAAGTAAATATCTATGCTACACCTTTATCATTAGTACCGCCGCGCTCGt < 1:4254675/50‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |