Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA NC_000913 4,354,915 G→A intergenic (‑198/+39) lysU ← / ← dtpC lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,354,9150GA100.0% 746.1 / NA 187intergenic (‑198/+39)lysU/dtpClysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (85/102);  total (85/102)

Only 100 of 191 total aligned reads displayed.

AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961
                                               |                                              
aaTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                              <  2:535596/50‑1 (MQ=255)
  tGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                            <  2:4827878/50‑1 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  2:1482850/50‑1 (MQ=255)
    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          <  2:5422228/50‑1 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:4497125/1‑49 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                          >  1:197066/1‑49 (MQ=255)
     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTa                                         <  2:2114234/50‑1 (MQ=255)
      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  1:282534/1‑50 (MQ=255)
      ttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        >  2:2508456/1‑50 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTaa                                        <  2:4740588/49‑1 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:2065114/1‑50 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  2:103128/1‑50 (MQ=255)
       tAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       >  1:2328192/1‑50 (MQ=255)
        aaaTTACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  2:840468/1‑50 (MQ=255)
        aaaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAt                                       <  2:4922946/49‑1 (MQ=255)
         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                     <  1:4630796/50‑1 (MQ=255)
         aaTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAtt                                      >  1:3015197/1‑49 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  2:4550489/50‑1 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:4733312/1‑50 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    <  2:4404635/50‑1 (MQ=255)
          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                    >  1:1150058/1‑50 (MQ=255)
           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                   <  1:1084365/50‑1 (MQ=255)
            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:4258474/1‑50 (MQ=255)
            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  1:5248626/1‑50 (MQ=255)
            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  >  2:4972288/1‑50 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  1:260049/49‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAtt                                  <  2:2718998/49‑1 (MQ=255)
             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                 <  2:3372062/50‑1 (MQ=255)
              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                <  1:1085342/50‑1 (MQ=255)
               ttattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                                >  2:3883187/1‑49 (MQ=255)
                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:1181504/1‑49 (MQ=255)
                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:2440660/1‑49 (MQ=255)
                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               >  1:2167222/1‑49 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCAt                               <  2:4224140/48‑1 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                             >  2:4916914/1‑50 (MQ=255)
                 attaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                              <  1:3805134/49‑1 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  2:1947801/1‑50 (MQ=255)
                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            <  2:3283232/50‑1 (MQ=255)
                   taATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAc                            >  1:1314125/1‑49 (MQ=255)
                    aaTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAAcc                           >  2:4254258/1‑49 (MQ=255)
                     aTCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCaa                         >  2:3630999/1‑50 (MQ=255)
                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  1:4185024/1‑50 (MQ=255)
                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      >  2:1390076/1‑50 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  2:4086801/47‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  2:3946656/47‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                       <  2:5622943/47‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  1:3550719/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                      <  2:5127801/48‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:3367205/50‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  2:1559007/50‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:335642/50‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                    <  1:2696026/50‑1 (MQ=255)
                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                     <  1:2622216/49‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  1:77678/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  2:3664133/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  2:4962838/50‑1 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   >  1:4099963/1‑50 (MQ=255)
                           aTTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                   <  2:1554782/50‑1 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  1:4334213/50‑1 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:4580677/1‑50 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  <  2:2789077/50‑1 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  2:282819/1‑50 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:5077006/1‑50 (MQ=255)
                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  2:3729124/1‑50 (MQ=255)
                             ttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt                  >  1:3779135/1‑49 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:3316770/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:2830932/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTa                <  1:2279418/49‑1 (MQ=255)
                               gTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               >  1:1707168/1‑50 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:5554805/49‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  2:2236350/49‑1 (MQ=255)
                                ttAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc               <  1:3879670/49‑1 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  1:1897281/1‑50 (MQ=255)
                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  2:5534287/1‑50 (MQ=255)
                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             <  1:1576420/49‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa             >  2:2175087/1‑48 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  2:5676980/49‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc            <  2:768751/49‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:2810129/50‑1 (MQ=255)
                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACa           <  2:487447/50‑1 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:3934281/1‑50 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:1225182/1‑50 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  1:1218214/1‑50 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          <  1:2707857/50‑1 (MQ=255)
                                    tgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAg          >  2:1855466/1‑50 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  1:2299941/50‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  2:1571011/50‑1 (MQ=255)
                                      ttATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        <  2:1424638/50‑1 (MQ=255)
                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  2:3059138/1‑49 (MQ=255)
                                       tataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGtt        >  2:733565/1‑49 (MQ=255)
                                        ataAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa       <  2:131949/49‑1 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTaa      <  1:2900158/49‑1 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  2:4724615/1‑50 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     <  1:2058185/50‑1 (MQ=255)
                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAAt     >  2:4456544/1‑50 (MQ=255)
                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:2999145/1‑50 (MQ=255)
                                          aaaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    >  1:889557/1‑50 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc    <  2:120122/49‑1 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   >  2:4341963/1‑50 (MQ=255)
                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg   <  1:5038164/50‑1 (MQ=255)
                                               |                                              
AATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGT  >  NC_000913/4354868‑4354961

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑