Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 41 [0] [0] 41 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)40 (1.360) 33/96 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101350‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT  >  NC_000913/2137718‑2137765
                                                                                               
TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                               >  1:134466/1‑50
 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT                                              >  1:1420099/1‑50
 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT                                              >  1:1629347/1‑50
 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                               <  1:1804776/49‑1
 AAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                               <  1:1455302/49‑1
  AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTC                                             <  1:1570627/50‑1
   AGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCC                                            <  1:525225/50‑1
    GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                           >  1:1344497/1‑50
    GTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCA                                           >  1:1861679/1‑50
      ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                         >  1:1583325/1‑50
      ATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                         >  1:2167394/1‑50
        AAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                       >  1:1651874/1‑50
         AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                      <  1:982996/50‑1
         AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                      >  1:218497/1‑50
         AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                       <  1:1875437/49‑1
             GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                   <  1:2190002/49‑1
             GCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGAT                                   <  1:1408668/49‑1
              CTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATAT                                 <  1:1516645/50‑1
                 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                              >  1:1859019/1‑50
                 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                              >  1:1524716/1‑50
                 ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATT                                <  1:660380/48‑1
                  TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                             >  1:1970068/1‑50
                  TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                              <  1:85769/49‑1
                  TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTC                              <  1:22463/49‑1
                     ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA                          <  1:477006/50‑1
                      TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                         <  1:872780/50‑1
                        CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT                        >  1:918104/1‑49
                        CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAAT                        <  1:242002/49‑1
                         TTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAA                      >  1:1528649/1‑50
                          TATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                     >  1:1534203/1‑50
                                CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA               >  1:1496758/1‑50
                                CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTA               <  1:1338681/50‑1
                                    CGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTA            <  1:43836/49‑1
                                      GCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA         <  1:1861640/50‑1
                                       CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC        >  1:1796491/1‑50
                                         TTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA      >  1:1925588/1‑50
                                          TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC     >  1:1260275/1‑50
                                          TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA      <  1:1828643/49‑1
                                           ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCAC     <  1:504974/49‑1
                                            TATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTT   <  1:1224366/50‑1
                                              TGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT  <  1:798585/49‑1
                                                                                               
TAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101350‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCACTTT  >  NC_000913/2137718‑2137765

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.