Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	97.4 / NA	26	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (14/12);  total (14/12)

GCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACC  >  NC_000913/2406098‑2406186                                            |                                              gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                         >  1:1129571/1‑50 (MQ=255) gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                         >  1:1195191/1‑50 (MQ=255)     tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                     <  1:1153210/50‑1 (MQ=255)     tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                     <  1:1749345/50‑1 (MQ=255)      atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                    >  1:1631531/1‑50 (MQ=255)       tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                   <  1:1834243/50‑1 (MQ=255)         tATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGc                                 >  1:1395759/1‑50 (MQ=255)              cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaa                            <  1:542635/50‑1 (MQ=255)              cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                             <  1:582351/49‑1 (MQ=255)                   cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                         <  1:787369/48‑1 (MQ=255)                   cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                       <  1:1179585/50‑1 (MQ=255)                   cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                       <  1:369167/50‑1 (MQ=255)                    gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                       >  1:2043937/1‑49 (MQ=255)                     cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGa                     <  1:1217451/50‑1 (MQ=255)                      aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                      >  1:991851/1‑48 (MQ=255)                      aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                      >  1:675752/1‑48 (MQ=255)                      aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                    <  1:1758996/50‑1 (MQ=255)                         aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                 >  1:213432/1‑50 (MQ=255)                         aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                 >  1:965242/1‑50 (MQ=255)                            aGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGa              >  1:720770/1‑50 (MQ=255)                             gtgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGAt             >  1:2094108/1‑50 (MQ=255)                              tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg            >  1:1728976/1‑50 (MQ=255)                                    ggCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt      >  1:208382/1‑50 (MQ=255)                                       gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc   <  1:1522569/50‑1 (MQ=255)                                       gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc   >  1:1132679/1‑50 (MQ=255)                                        aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc  <  1:2189022/50‑1 (MQ=255)                                            |                                              GCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACC  >  NC_000913/2406098‑2406186

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑