| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,801,078 | (T)7→6 | coding (922/1017 nt) | waaJ ← | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,801,072 | 0 | T | . | 97.8% | 201.2 / ‑1.2 | 46 | coding (928/1017 nt) | waaJ | UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base . (17/28); total (17/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCA > NC_000913/3801024‑3801115 | cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt < 1:2095453/50‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtt > 1:472452/1‑50 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1096812/49‑1 (MQ=255)cTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCt < 1:1944814/49‑1 (MQ=255) tataATTCCTGTGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt > 1:1675227/1‑50 (MQ=255) ataATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt > 1:320229/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:1304936/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:2124358/1‑50 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttt < 1:1873677/49‑1 (MQ=255) taATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttt < 1:1337859/48‑1 (MQ=255) taATTCCGGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt < 1:730272/50‑1 (MQ=255) aaTTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCttttt > 1:323169/1‑49 (MQ=255) actCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttt < 1:1857008/47‑1 (MQ=255) ttCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCtttttta > 1:1262085/1‑48 (MQ=255) ccTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTaaa < 1:1701908/49‑1 (MQ=255) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTc < 1:2284673/48‑1 (MQ=39) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaa < 1:1076450/50‑1 (MQ=255) agaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCa < 1:1810615/49‑1 (MQ=39) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:897991/50‑1 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:606542/50‑1 (MQ=255) gaTATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaat < 1:77051/50‑1 (MQ=255) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:2193248/50‑1 (MQ=255) atatAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaata < 1:1441678/50‑1 (MQ=255) ataATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat > 1:743265/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:217645/49‑1 (MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCaataat < 1:1551866/49‑1 (MQ=39) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:1251349/50‑1 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt > 1:695072/1‑50 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:2718450/50‑1 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:2425996/50‑1 (MQ=255) taATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAAtt < 1:1131356/50‑1 (MQ=255) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTg < 1:2693113/49‑1 (MQ=39) atgatgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGa > 1:1820045/1‑50 (MQ=255) atgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGAttt < 1:2776041/50‑1 (MQ=255) tgTTGCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTc < 1:1661495/50‑1 (MQ=255) gCACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt > 1:863500/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtc > 1:1632753/1‑50 (MQ=255) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:989151/49‑1 (MQ=39) cACTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAt < 1:1275281/49‑1 (MQ=39) aCTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtct < 1:1447335/50‑1 (MQ=255) cTAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCAtctc < 1:1519303/50‑1 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:2670424/1‑50 (MQ=255) tAAAAGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg > 1:1903453/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:1738565/1‑50 (MQ=255) aaaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGt > 1:385774/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCg < 1:159625/48‑1 (MQ=39) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2580637/1‑50 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:1863126/50‑1 (MQ=255) aaaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg < 1:1777974/50‑1 (MQ=255) aaGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1233337/1‑49 (MQ=39) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:2078291/1‑48 (MQ=39) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:367490/50‑1 (MQ=255) aGATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga < 1:1272563/50‑1 (MQ=255) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1707492/1‑47 (MQ=39) gATGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTg > 1:1737495/1‑47 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:2692126/1‑48 (MQ=39) aTGTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGga > 1:239607/1‑48 (MQ=39) gTTTATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt > 1:1652929/1‑50 (MQ=255) tttATATC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGt < 1:677799/49‑1 (MQ=39) tataTC‑TTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCa < 1:1521179/49‑1 (MQ=39) | CTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCA > NC_000913/3801024‑3801115 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |