| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 54 [0] | [0] 54 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 50 (1.460) | 37/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:2066093/1‑50 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:2102508/1‑49 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:2237743/49‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA < 1:1607087/50‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:114321/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT > 1:998711/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:1646827/49‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT < 1:1535145/50‑1 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT > 1:1993676/1‑49 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT > 1:2347690/1‑49 GATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:803061/1‑50 GATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAAT > 1:1767942/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:950088/50‑1 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:106130/50‑1 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:2052926/1‑49 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:2179263/1‑49 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:2457586/1‑49 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC > 1:491718/1‑49 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAAT < 1:2698509/50‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA < 1:572173/49‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTG > 1:908015/1‑50 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATT < 1:1113451/49‑1 TAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:2592633/1‑49 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:111851/1‑49 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT < 1:2063134/49‑1 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:1002588/1‑49 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT > 1:1530178/1‑49 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:1212055/1‑49 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:186737/1‑49 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA < 1:2069296/50‑1 TCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1614214/1‑50 TCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:2716476/1‑50 CCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:2015854/49‑1 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT > 1:653651/1‑50 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGC < 1:2524347/50‑1 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:220388/1‑50 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT < 1:1550160/49‑1 TGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT < 1:496342/49‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTC < 1:1890896/50‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:1450394/49‑1 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:11503/1‑50 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA < 1:1884996/50‑1 AGAGGAAAGTGTTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:664857/1‑50 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACT < 1:1273651/50‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC < 1:1301446/49‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT < 1:11264/50‑1 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:1573900/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:2375859/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:852645/1‑50 AAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG < 1:2177211/50‑1 AGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGA < 1:1411247/50‑1 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAAC < 1:711921/50‑1 GCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACT > 1:2436514/1‑50 CTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG < 1:1554534/50‑1 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:566251/1‑49 AAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGT > 1:427684/1‑49 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:2733820/49‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA > NC_000913/1300698‑1300745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |