Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	148.2 / NA	39	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (21/18);  total (21/18)

TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406096‑2406187                                              |                                               ttGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCg                                              >  1:2084959/1‑48 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          >  1:326002/1‑50 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           <  1:2292943/49‑1 (MQ=255)   gCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAg                                           <  1:2746150/49‑1 (MQ=255)    cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         <  1:2600081/50‑1 (MQ=255)      atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:357089/1‑49 (MQ=255)       tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       >  1:852679/1‑49 (MQ=255)       tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTc                                       >  1:15817/1‑49 (MQ=255)       tatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCa                                      <  1:904608/50‑1 (MQ=255)        atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                     >  1:1704655/1‑50 (MQ=255)         tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                    >  1:2010800/1‑50 (MQ=255)         tGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAAt                                    >  1:2188003/1‑50 (MQ=255)          gTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATg                                   >  1:728201/1‑50 (MQ=255)             ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                <  1:2518763/50‑1 (MQ=255)              tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:2002003/1‑49 (MQ=255)               ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                               <  1:683896/49‑1 (MQ=255)                cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                              <  1:2164232/49‑1 (MQ=255)                 gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:971155/50‑1 (MQ=255)                 gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:1865957/50‑1 (MQ=255)                 gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            <  1:1086172/50‑1 (MQ=255)                  cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           <  1:1807392/50‑1 (MQ=255)                  cTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAAc                           >  1:2617709/1‑50 (MQ=255)                     cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:2120775/50‑1 (MQ=255)                     cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        <  1:478728/50‑1 (MQ=255)                      gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:749914/1‑49 (MQ=255)                      gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       <  1:1777980/50‑1 (MQ=255)                       cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:719678/1‑49 (MQ=255)                        aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                     <  1:1669626/50‑1 (MQ=255)                         gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    <  1:655914/50‑1 (MQ=255)                          tACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  1:306389/1‑49 (MQ=255)                           aCCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGa                  >  1:2300840/1‑50 (MQ=255)                                   gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:1047278/1‑50 (MQ=255)                                    ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtg         >  1:2600383/1‑50 (MQ=255)                                    ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  1:1705142/49‑1 (MQ=255)                                    ttGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          <  1:1562638/49‑1 (MQ=255)                                         gAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:1659687/1‑50 (MQ=255)                                          aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:1313828/1‑49 (MQ=255)                                          aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAc    >  1:1856756/1‑49 (MQ=255)                                           ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa  >  1:2586694/1‑50 (MQ=255)                                              |                                               TTGCAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406096‑2406187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑