Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,406,141	A→G	R167R (CGT→CGC)	lrhA ←	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,406,141	0	A	G	100.0%	101.7 / NA	28	R167R (CGT→CGC)	lrhA	DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (15/13);  total (15/13)

CAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406099‑2406187                                           |                                               cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          <  1:2071182/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAgg                                          <  1:1732031/49‑1 (MQ=255) cAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGt                                         <  1:1228922/50‑1 (MQ=255)  aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:1567209/1‑50 (MQ=255)  aaTATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        <  1:221929/50‑1 (MQ=255)   atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:895367/1‑49 (MQ=255)   atatGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGtt                                        >  1:2416589/1‑49 (MQ=255)     atGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCaa                                     >  1:1325612/1‑50 (MQ=255)          ttCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                <  1:1684998/50‑1 (MQ=255)           tCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCt                                >  1:2673038/1‑49 (MQ=255)            ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                               <  1:600939/49‑1 (MQ=255)            ccGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCtt                               >  1:2635616/1‑49 (MQ=255)             cGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTa                              >  1:1765776/1‑49 (MQ=255)              gCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTaaa                            >  1:302066/1‑50 (MQ=255)                tGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACg                          >  1:1581608/1‑50 (MQ=255)                  cgcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGc                         <  1:763565/49‑1 (MQ=255)                   gcAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCt                        >  1:1374518/1‑49 (MQ=255)                    cAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTg                       >  1:2124262/1‑49 (MQ=255)                     aGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGaa                     <  1:345084/50‑1 (MQ=255)                      gTACCAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAg                    >  1:1650673/1‑50 (MQ=255)                          cAGTGTGTTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACg                <  1:695644/50‑1 (MQ=255)                             tgtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATg             >  1:2055236/1‑50 (MQ=255)                              gtgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg            >  1:153547/1‑50 (MQ=255)                               tgtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATgg            <  1:1594367/49‑1 (MQ=255)                                gtTGGCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggt          >  1:659457/1‑50 (MQ=255)                                    gCGAGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGggtggt       <  1:1590426/49‑1 (MQ=255)                                       aGGTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTAcc   <  1:981680/50‑1 (MQ=255)                                        ggTGCGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCa  <  1:1194872/50‑1 (MQ=255)                                           |                                               CAATATGTATTCCGCTGCGCAGTACCAGTGTGTTGGCGAGGTACGCAGGTTCAATGCCTTAAACGCTGAAGGACGATGGGTGGTTACCA  >  NC_000913/2406099‑2406187

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑