| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1299499 | 1300697 | 1199 | 43 [0] | [0] 43 | insH21 | insH21 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 38 (1.510) | 33/90 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| ? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein | |||||
ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > NC_000913/1300698‑1300746 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC > 1:1359449/1‑50 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1496249/50‑1 TGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAA > 1:1885642/1‑49 GAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAAT < 1:2194271/49‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA < 1:1655088/50‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:1291499/49‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATA < 1:201979/49‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:1525256/1‑49 ATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAAT > 1:1449897/1‑49 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:440132/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAACGTGCTAAATAATAAT > 1:1351145/1‑49 ATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAA > 1:644166/1‑50 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAAT > 1:2032497/1‑50 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:1164963/1‑50 TAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGT > 1:945662/1‑49 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT < 1:1477051/49‑1 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTT < 1:1532908/49‑1 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:335704/1‑49 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:2200355/1‑50 TCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:2105690/1‑50 CACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATT < 1:2186528/49‑1 CTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT < 1:1044182/50‑1 CTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT < 1:2068494/50‑1 CTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATT < 1:1864486/50‑1 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGT > 1:2165083/1‑50 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTG < 1:1906379/50‑1 CCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTG < 1:1839607/48‑1 TTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:258347/1‑50 GGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT < 1:1705636/49‑1 GGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT < 1:869648/49‑1 GTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:310599/49‑1 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:1741487/1‑49 GAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC < 1:690164/49‑1 AGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTA > 1:351127/1‑50 AGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTA < 1:1963722/50‑1 GGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC < 1:1660/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT < 1:1276440/50‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT > 1:530072/1‑50 AAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTG > 1:703370/1‑50 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 1:782984/1‑50 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTG > 1:1774820/1‑49 AAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGT > 1:626269/1‑49 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > 1:1124287/1‑50 AATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:632883/49‑1 ATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299446‑1299498‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAA > NC_000913/1300698‑1300746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |