| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,034,771 | C→T | A55V (GCT→GTT) | hemG → | protoporphyrinogen oxidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,034,771 | 0 | C | T | 96.9% | 105.8 / ‑4.0 | 32 | A55V (GCT→GTT) | hemG | protoporphyrinogen oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (17/14); total (18/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTC > NC_000913/4034724‑4034817 | cATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGttt < 1:4857/50‑1 (MQ=255) aTTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTc > 1:18934/1‑50 (MQ=255) aTTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTc > 1:1829849/1‑50 (MQ=255) aCCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCt < 1:1057029/50‑1 (MQ=255) ccACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTa > 1:1992956/1‑50 (MQ=255) ccACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTa > 1:145668/1‑50 (MQ=255) acaGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATg < 1:2158698/50‑1 (MQ=255) acaGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATg < 1:1499765/50‑1 (MQ=255) caGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATgg > 1:1587949/1‑50 (MQ=255) gTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTc < 1:1286225/50‑1 (MQ=255) tGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCa < 1:1917027/50‑1 (MQ=255) tGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCa < 1:1082570/50‑1 (MQ=255) gggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCAc > 1:495154/1‑50 (MQ=255) gggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCAc > 1:2288892/1‑50 (MQ=255) ggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCAc < 1:694418/49‑1 (MQ=255) ggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCAc < 1:56132/49‑1 (MQ=255) gAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTa < 1:1103753/50‑1 (MQ=255) aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTAc < 1:738047/50‑1 (MQ=255) aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTAc > 1:1268201/1‑50 (MQ=255) aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTAcc < 1:2207077/50‑1 (MQ=255) aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTAc > 1:1153719/1‑49 (MQ=255) aaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCa < 1:377332/50‑1 (MQ=255) cTATGACCGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCAtt < 1:933869/50‑1 (MQ=255) cGTGTGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGtt > 1:1021842/1‑50 (MQ=255) gtgtGGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTc > 1:242409/1‑50 (MQ=255) tgtgGTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTc > 1:822394/1‑49 (MQ=255) ggTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAg > 1:921995/1‑49 (MQ=255) gTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAgg > 1:1552181/1‑49 (MQ=255) gTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAgg > 1:854847/1‑49 (MQ=255) gTCATTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAgg < 1:888396/49‑1 (MQ=255) aTTGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAAtt > 1:707567/1‑50 (MQ=255) ttGGTGTTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAAttt > 1:73667/1‑50 (MQ=255) gtgtTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTc < 1:2255770/50‑1 (MQ=255) gtgtTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTc < 1:1321625/50‑1 (MQ=255) gTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGt > 1:1898856/1‑49 (MQ=255) | CATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTC > NC_000913/4034724‑4034817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |