Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
MC JC NC_000913 2,101,397 Δ36,321 bp [wbbL]–wza 34 genes

Missing coverage evidence...
   seq id start end size ←reads reads→ gene description
* * ÷ NC_000913 2101397 2137717 36321 33 [0] [0] 33 [wbbL]–wza [wbbL],insH‑7,wbbL,wbbK,wbbJ,wbbI,wbbH,glf,rfbX,rfbC,rfbA,rfbD,rfbB,galF,wcaM,wcaL,wcaK,wzxC,wcaJ,cpsG,cpsB,wcaI,gmm,fcl,gmd,wcaF,wcaE,wcaD,wcaC,wcaB,wcaA,wzc,wzb,wza

New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? NC_000913 = 21013960 (0.000)33 (1.110) 28/94 0.0 100% pseudogene (349/349 nt) wbbL interrupted rhamnosyltransferase WbbL
?NC_000913 2137718 = 0 (0.000)intergenic (‑475/‑184) wza/yegH outer membrane polysaccharide export protein Wza/inner membrane protein YegH

TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101349‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA  >  NC_000913/2137718‑2137761
                                                                                            
TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                             <  1:1479253/49‑1
TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATG                                             >  1:1941225/1‑49
   AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCT                                          <  1:690361/49‑1
   AAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTC                                           <  1:935455/48‑1
        TAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACA                                     >  1:2192974/1‑49
          AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATG                                   <  1:1261920/49‑1
          AATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACAT                                    <  1:831302/48‑1
           ATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGC                                  <  1:1169545/49‑1
            TAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCG                                 <  1:413423/49‑1
             AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                >  1:968492/1‑49
             AGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGA                                >  1:639825/1‑49
                  ATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                           >  1:1691450/1‑49
                   TCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTT                           <  1:2208361/48‑1
                     CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                        <  1:1757053/49‑1
                     CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                         <  1:889167/48‑1
                     CATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCT                         <  1:2061320/48‑1
                      ATGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTT                        >  1:2282709/1‑48
                       TGCTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAA                      <  1:877221/49‑1
                         CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                     >  1:1727351/1‑48
                         CTTATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAA                     >  1:1752756/1‑48
                            ATATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAAT                 >  1:591743/1‑49
                             TATGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATG                <  1:1733369/49‑1
                               TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTT              >  1:1153868/1‑49
                               TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT               <  1:261757/48‑1
                               TGCTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGT               <  1:261777/48‑1
                                 CTTACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTT             <  1:594498/48‑1
                                    ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT          <  1:151895/48‑1
                                    ACGGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTAT          >  1:1466340/1‑48
                                      GGCTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTAT       >  1:137929/1‑49
                                        CTTTATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTA     <  1:352916/49‑1
                                           TATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTAC    <  1:1742183/47‑1
                                            ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA  <  1:1629293/48‑1
                                            ATATGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA  <  1:713432/48‑1
                                                                                            
TTAAAGTATAAATAGCTTATCCATGCTTATATGCTTACGGCTTTATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑  >  NC_000913/2101349‑2101396
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tGTCTCCACATGCGATATTTCTTAAATAATGTTTTATTATTACCA  >  NC_000913/2137718‑2137761

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.