Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	4,354,915	G→A	intergenic (‑198/+39)	lysU ← / ← dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	4,354,915	0	G	A	100.0%	107.8 / NA	28	intergenic (‑198/+39)	lysU/dtpC	lysine‑‑tRNA ligase/Ap4A synthetase/Ap3A synthetase/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (15/13);  total (15/13)

ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960                                               |                                              aTGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTaaa                                             <  1:1883652/49‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAg                                           <  1:2016967/48‑1 (MQ=255)    gTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:496804/1‑49 (MQ=255)     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGtt                                         <  1:1498654/49‑1 (MQ=255)     tttAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGt                                          >  1:625288/1‑48 (MQ=255)          aTGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAAttt                                    <  1:465262/49‑1 (MQ=255)           tGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTa                                   >  1:589069/1‑49 (MQ=255)            gACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                  >  1:1737468/1‑49 (MQ=255)             aCTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTAt                                  <  1:1608811/48‑1 (MQ=255)              cTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTc                                <  1:690583/49‑1 (MQ=255)                tattaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCa                               >  1:2180488/1‑48 (MQ=255)                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATaa                            >  1:2028326/1‑49 (MQ=255)                  ttaATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATa                             <  1:15392/48‑1 (MQ=255)                        tcGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                      >  1:30863/1‑49 (MQ=255)                         cGATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     >  1:2226676/1‑49 (MQ=255)                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt                      <  1:68899/47‑1 (MQ=255)                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTg                     <  1:845594/48‑1 (MQ=255)                          gATTTGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGt                    >  1:245094/1‑49 (MQ=255)                           aTTTGTTACTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt                   >  1:1939267/1‑49 (MQ=255)                            tttGTTAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGttt                  >  1:289977/1‑49 (MQ=255)                                 tAGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTAc              >  1:1073443/1‑48 (MQ=255)                                  aGTGTTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACg             <  1:1300588/48‑1 (MQ=255)                                  aGTGGTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGa            >  1:123390/1‑49 (MQ=255)                                   gtgtTATAAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGAc           <  1:1751840/49‑1 (MQ=255)                                         taAACTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTa      <  1:1884309/48‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGCCCTTTAATc   <  1:1406393/49‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   <  1:1680957/49‑1 (MQ=255)                                           aaCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATc   >  1:711167/1‑49 (MQ=255)                                            aCTAAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCg  >  1:2055770/1‑49 (MQ=255)                                               |                                              ATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCG  >  NC_000913/4354869‑4354960

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑